近年来，随着科学发展观的全面深入贯彻，农村环保工作日益得到重视，党和国家领导人多次指示要把农村环保纳入国家环保总体战略。2011年温家宝总理还在湖南攸县实行城乡环境同治基本做法的材料上批示“要把农村环境整治作为环保工作的重点，摆在突出的位置”。从国家层面看，工作力度逐年加大，2007年，国务院转发了环保部等八部委《关于加强农村环境保护工作的意见》，2011年，国务院又下发了《关于加强环境保护重点工作的意见》。2008年7月，国务院首次召开全国农村环保工作电视电话会，出台了“以奖促治”、“以奖代补”政策，中央财政首次设立农村环保专项资金，2008年至2011年，中央财政共安排80亿元，支持16000多个村镇开展重点问题整治、连片整治和生态建设示范，4000多万农村人口直接受益，整治村庄的村容村貌明显改善，得到广大人民群众的衷心拥护和积极响应。
但是，全国农村环境形势仍然十分严峻，农村生活污染、面源污染还相当严重，工业及城市污染向农村转移，农村环境污染呈持续恶化趋势。
一、污染排放加剧，环境自净能力遭到破坏。改革开放以来，农村发生了翻天覆地的变化，但“农民富了，溪水脏了”。据第一次全国污染源普查统计，农业源主要污染物，如化学需氧量、总氮、总磷分别达到1324万吨、270万吨、28万吨，分别占全国总排放量的43.7％、57.2％、67.3％，污染排放已占到全国半壁江山。全国农村每年产生生活垃圾约2.8亿吨，生活污水约90多亿吨，人粪尿约2.6亿吨，绝大多数没有处理，随意排放，每年产生的6.5亿吨各类农作物秸秆有20%未综合利用，被焚烧或堆积于河湖沟渠或道路两侧。“污水靠蒸发，垃圾靠风刮”、“室内现代化，室外脏乱差”成为许多农村形象写照。
二、土壤、水源污染加重，食品饮水安全堪忧。我国是世界上化肥、农药使用量最大的国家，年施用量分别达4700万吨和130多万吨，而利用率仅为35%左右，流失的化肥和农药造成土壤、地表水和地下水污染，受污染的耕地约有1.5亿亩。畜禽粪便年产生量达27亿吨，大部分规模化畜禽养殖场没有污染治理设施，每年地膜残留量高达45万吨，造成了土壤污染。湖南有个别村几十米以下的地下水都遭到了污染，10多年当兵体检无人合格。农村环境污染不仅威胁数亿农民的身体健康，还通过水、土壤等渠道影响食品安全，最终影响到城市居民。
三、政府提供环境公共服务力度偏小，整治乏力。近年来，国家对“三农”工作越来越重视，采取了一系列重大措施。2011年中央财政“三农”支出超过万亿元，与上年相比增长21%，极大地促进了农村经济发展、农民增收、基础设施改善和农村社会事业进步。但相对，农村环保却投入不大、推进不快， 2011年中央财政投入40亿元开展农村环境连片整治，仅占当年“三农”投入的比例不到4‰。截止目前，通过“以奖促治”政策整治村庄仅1.6万个，按环保部、财政部规划，到2015年也只能治理6万个，相对全国60多万个村庄任重而道远。比较政府对城市提供的环境公共服务，农村一块无论覆盖面还是公平性存在巨大反差，称为显失公平也不为过。
四、农村环境管理基础薄弱，法规缺位。多年来我国的环境管理体系是建立在城市和重要点源污染防治上的，在制度层面上对农村污染及其监管重视不够。目前农村环境管理机构不健全，乡镇基本没有环保机构，缺乏必要的监测、监察设备和能力，农村环保的政策、法律、标准体系不健全。
李克强副总理早在2008年全国农村环保工作电视电话会上就指出，农村环境保护事关广大农民的切身利益，事关全国人民的福祉，事关国家的可持续发展，必须提高思想认识，增强做好农村环保工作的紧迫感和责任感。整治好农村环境，既是科学发展观的要求，也是人民群众的热切期盼。全面建设小康社会，关键在农村，难点在环境。各级党委、政府应该从贯彻落实科学发展观、全面建设小康社会，改善环境质量、提供公共服务，建设社会主义新农村、实现城乡统筹，维护农民环境权益、构建和谐社会等高度充分认识农村环境整治工作的重要性和紧迫性，以强烈的政治责任感和历史使命感，真心实意抓好这项工作。
一、出台“一号文件”，全面部署工作
基本的环境质量是一种公共产品，是政府必须确保的公共服务，各级政府有责任为广大人民群众提供公平的环境公共服务。针对农村环境整治点多面广、基础差、任务重，各级政府应该进一步加强对农村环保工作的领导，发挥主导作用。建议中央对全国农村环保工作进行专题研究，把农村环境整治纳入“两型社会”和新农村建设总体战略，作出全面部署安排，像近些年全面推动 “三农”工作一样，出台一个加快农村环保的“一号文件”，明确指导思想，确定目标任务，强化工作责任，建立激励约束机制，全面推进农村环境整治。
二、硬化投入政策，加快整治步伐
农村环境整治投入是关键。每个村的治理需要200-500万，全国有60多万个行政村，按80%的治理面，需要投入过万亿。着眼于建立政府、企业、社会多元化投入机制，中央财政大资金投入主导，地方政府加强资金配套，各级排污费、土地出让金等专项资金可明确一定比例用于农村环境整治，积极推动农民投资投工投劳，引导和鼓励社会资金参与农村环保，力争到2025年全国80%以上的村庄得到治理，“十二五”东部、“十三五”中部、“十四五”西部基本实现农村环境整治全覆盖，确保全面小康社会的实现。同时，应以县级财政为主，确保农村环保日常工作、环保设施和机制长效运行的经费。
三、整合各方力量，实现整体联动
农村环境整治是一项综合性的系统工程，涉及环保、发改、财政、农业、林业、建设、水利、国土、卫生等多个部门，需要各部门各司其职、紧密配合、整体联动，才能取得实效。建议建立农村环境整治工作领导小组，专门负责农村环境整治示范工作的综合协调、资金整合、项目实施和监督管理等工作，特别是应按照“渠道不变，各记其功”的原则加强涉农项目的整合。把农村环境整治与城乡统筹、县域经济发展、新农村建设、农村清洁工程、为民办实事等工作有机结合起来，统一部署，共同推进。
四、强化机构队伍，加强环境管理
加强农村环保机构队伍建设，在乡镇设立农村环保机构或环保专干，解决农村环保无机构抓，无力量管的问题。建立和完善农村环境监测预警、执法监督和标准体系。加强基层环保组织和长效机制建设，探索建立农村环保合作社，组建专业化环保公司和保洁员队伍。
五、多种措施并举，全面推进整治
综合运用行政、经济、法律等多种手段推动农村环境整治。以深化“以奖促治”政策为主线，以开展农村生态建设示范的“以创促治”，推进农村污染减排的“以减促治”，实行农村环境整治目标责任制的“以考促治”为抓手，进一步强化工作措施。研究制定有利于农村环保的扶持、优惠政策。如生态功能区等生态补偿资金与农村环境整治挂钩，对于畜禽养殖污染治理、有机肥生产、废旧物资回收给予补贴，对从事农村环保规划方案编制、技术研发推广、工程项目治理等方面的单位和公司给予税费优惠。加强和完善农村环保的法律法规，抓紧研究、出台有关土壤、畜禽养殖、饮用水水源地污染防治，秸秆禁烧和综合利用等方面的法律法规。
六、突出工作重点，提高整治实效
一是突出源头控制。对化肥、农药、农膜等生产制定严格环保标准，对物品包装提出限制要求。二是抓住重点难点。把农村饮用水安全、乡（镇）、中心村和农户相对聚集区生活污染和规模化畜禽养殖作为治理的重点，农业面源污染、土壤污染、农户生活污水作为治理的难点，加大力度，集中攻关。三是增强科技支撑。研发、引进和推广应用国内外先进和适用技术。如秸秆综合利用、测土配方施肥、土壤综合防治、人畜粪便无害化处理应用技术等，重点加强高效安全肥料、低毒低残留农药、土壤污染治理、农林生态修复等技术的研发创新。四是注重因地制宜。多途径治理农村畜禽污染，对于农村生活污水治理可采取散户、联户、中心村集中整治等方式，尽可能采用无动力、微动力治理技术，垃圾治理一定要强调先分类减量。五是完善相关政策。借鉴通乡通村公路、沼气池建设等强农惠农政策做法，把整治内容分类，根据项目确定国家奖励、地方配套、农民自筹的标准，以利于奖励政策、配套资金的落实，还可大力推行先建先治先补等激励措施，调动地方和农民的积极性。
七、加强宣传教育，推动公众参与
我国农村教育水平相对偏低，长期形成的有些落后生产生活方式造成了农村环境的一定污染，有些良好的方式却因没有保留而加重了污染，如堆沤还田。要全面改善农村环境质量，提高农民环保意识，改变落后、弘扬优良生产生活方式，充分发挥广大农民群众的主动性也是重要环节。应加大农村环保的宣传教育，推动农村环保的公众参与，引导广大农民自觉保护农村环境，形成良好的卫生、文明、健康和符合环保要求的生活习惯，生产生态协调，弘扬生态文明，发展生态文化。
