1942年，正值抗日战争中期，也是蒋介石掀起第二次反共高潮的时期。许崇清鼓励青年站在时代的前头，以坚定和强干去实践去创造我国文化的新阶段。他教育青年，学习不要好高骛远，不要对经验的科学还未摸着头绪，就高谈其哲理。批评有些人轻视我国历史文化遗产，甚至连中国语文也不肯下功夫。写文章，错别字连篇，却自命“巨子”，武断乡曲，这副脸皮令人难看。

　　1944年底，日本侵略军进攻韶关一带。许崇清携带家属撤退到连县三江镇。稍后，中山大学一部分师生亦由坪石突围到这里，设立了中大连县分教处。于是，在抗日战争最困难而又最临近胜利的时刻，他又和中山大学联系在一起了。许崇清在他的临时住所里，以床板为书桌，为逃难到来的学生授课。当时连县已成为日军四面包围的孤岛，随时都有沦陷的危险，但他终于在这里迎来了抗战胜利。

　　1945年10月初，许崇清和他的家人回到了久别的故乡——广州。1946年，中国革命进入了解放战争时期，争取政治自由与文化自由成为国民党统治区人民的呼声。1946年，他当时在广州复刊的《新建设》杂志上发表了《自由底涵义与文化底自由》一文，论述了政治民主与文化自由的关系，认为真正的彻底的民主社会，才能保证文化的自由，批评了当时中国的专制统治。这个刊物仍是以他的名义主编的，登载了许多进步学者的文章。这一年，《新建设》被迫停刊。

　　1946—1948年期间，许崇清虽仍挂有空头职衔，但实际上是做教学和研究工作。他接受中山大学和江苏社会教育学院的聘请，讲授教育哲学和哲学概论，经常来往于广州、上海、苏州、南京之间，并支持学生的“反内战”运动。

　　1948年，许崇清在中山大学教育研究所出版的《教育研究》上，发表了《人类底实践与教育底由来》，这篇论文是他长期以来对教育的本质进行深入研究的成果。学者认为，他的论述“发展了马克思主义教育哲学”。

　　1949年初，许崇清离开广州到香港。他在香港《文汇报》发表了《教育的过去与将来》等文章。中华人民共和国成立时，他参加了港九教育工作者的庆祝大会，并呼吁华南教育工作者“坚决和人民结合在一起，为建设统一、独立、繁荣、民主的新中国而斗争”。还发表了《迎接新中国教育工作者底新方向》的文章。

　　是年11月，许崇清回到解放后的广州，任广州市人民政府委员，并接受了广东省军事管制委员会的指派，接管私立广州大学，并担任了该校校长。

　　1950年6月，许崇清赴北京出席了第一次全国高等教育会议。

　　此后，许崇清历任全国人大代表、全国政协委员、广东省副省长，担任中山大学校长直至逝世。

　　中山大学的校庆原为11月11日，这是该校建立时误认为这一天是孙中山生辰所致。许崇清上任后建议将中大校庆日改为11月12日真正的孙中山诞辰这一天，经宋庆龄同意而实行。

　　1952年10月高等院校进行院系调整。中山大学调整成为一所以文、理科为主的综合性大学，由广州市东郊石牌迁到南郊康乐，许崇清继续任校长。

　　此后，在繁忙的行政工作和政治活动中，他还坚持学术研究。1956年，在中山大学第三次科学讨论会上，许崇清作了《人的全面发展的教育任务》的研究报告。这篇报告以辩证唯物论观点深刻地阐明了“人的全面发展”的含义，分析批判了国内外有关这个问题的各种错误解释。这篇报告引起中国教育界的重视，当时学术界有人认为，这是新中国建立以来最有战斗性和科学性的教育论著。也有人认为，这是许祟清晚年的一篇最成熟的重要论著。

　　1958年对于当时开展的“教育革命”，他从哲学的角度提出了自己的见解，认为这是解决人民教育发展过程中内部矛盾的问题，应采取“渐进”形式进行，不赞成那时的政治运动的方式。

　　许崇清具有坚持不懈的学习精神，活到老，学到老，即使到了晚年，仍坚持阅读各种学术著作。他常从马克思、恩格斯的德文原著中，找出一些句子，指出我国当时有些译本里的翻译错误以至由此而造成的理解错误。

　　他对国内外大事一直密切注视，曾发表支持美国黑人反对种族歧视的声明。他在60年代初期的时事学习笔记中，就曾对苏联未来10年面临的问题，提出了自己的看法，指出：如果不采取“断然行动来改进全国的农业，调整缓慢的工业增长以及促进消费品的生产”，而坚持走“偏重军事和基础工业，加强它在征服宇宙空间方面的建立威信的计划”，则会产生严重的后果。

　　他酷爱艺术和体育，直到晚年还经常到剧院欣赏各种演出。1964年，76岁的许崇清曾参加广州市群众攀登白云山的活动。他有一手好书法，字迹清秀有力，是华南有名的书法家之一。

　　许崇清于1952年8月15日加入中国民主促进会。他是民进广州市委会的第一任领导人。他对会务工作极端认真负责，为民进广州市委会的建设，为党的统一战线，作出了贡献。他十分怀念在台湾的教育界老朋友和中山大学校友，曾多次向台湾教育界人士发表谈话，盼望能与他们一道为发展中华民族的文化教育事业贡献力量。

　　1969年3月14日，许崇清病逝于广州，终年82岁。

　　1988年1月，广东教育界和学术界举行纪念许崇清诞辰一百周年大会，与会者将他誉为“新教育学和新中国高等教育的奠基人之一”。