1950年3月，在北京召开了中等教育会议。会议集中讨论了中等教育的方针和任务，普通中学的性质、任务、课程、教材和领导关系、公私关系，以及学生健康问题。

　　1950年6月，在北京召开了第一次全国中等技术教育会议。讨论了中等技术教育的方针、学制、领导关系等问题。同月还召开了全国第一次高等教育会议。

　　1950年8月末9月初，在北京召开了第一次全国初等教育会议和第一次全国师范教育会议。讨论了发展和建设初等教育和师范教育的方针、任务，改善小学教师的待遇，推行初等教育新学制的实施步骤等。

　　1950年9月，召开了第一次全国民族教育会议，马叙伦为本次会议致开幕词和闭幕词。他指出：“少数民族的教育建设是新中国教育建设的重要部分，对于整个新中国的建设前途，有着重大的关系。”会上，他建议各级政府设立民族教育行政机构，并认为“这是加强民族教育工作领导的关键问题”。会后，马叙伦将此次会议的情况、问题，向政务院做了全面报告，并得到批准。1952年4月16日政务院发出了《关于建立民族教育行政机构的决定》。

　　新中国教育事业朝气蓬勃地发展，冲击着沿袭的旧制度、旧学制。在政务院领导下，马叙伦主持和参加了新学制的研究和制定工作。他根据当时国家建设实际需要，研究、吸收了我国教育工作的经验，特别是老解放区的教育经验，提出了改革意见。1951年11月1日，政务院发布实施《关于改革学制的决定》，新学制改正了原有学制的缺点，密切配合国家各项建设事业的需要，对各级各类学校的地位、年限和互相衔接关系，做出了新的规定，铸造了新中国人民教育的基本格局、框架。

　　马叙伦在教育部长任上，还有两件载入教育史并为后人一再称道的功勋。其一是高度重视师生健康问题；其二是顺利收回教育主权，肃清帝国主义文化侵略的影响。

　　马叙伦了解到学生学习负担过重、健康受到影响的情况后，在参加中国人民政治协商会议第一届全国委员会第二次会议期间，他及时向毛主席作了汇报。毛主席旋即手书“健康第一”。1950年6月19日，马叙伦又得到毛主席函示：“各学校注意健康第一，学习第二。营养不足，宜酌增经费。学习和开会时间宜大减，病人应有特别待遇。全国一切学校都应如此。”马叙伦得到了毛主席手书后，即领导教育部积极贯彻，立即组织调查研究，提出具体措施。一面在国家财政许可的情况下，尽力提高教育经费和学生的人民助学金；一面拟定和采取了以下办法：一、调整学生日常学习及生活的时间；二、减轻学生课业学习与社团活动的负担。三、改进学校卫生工作。四、注重体育、娱乐活动。五、改善学生伙食管理办法。六、学校经费的支配，应适当地照顾保健工作的需要。在周总理的关怀下，还将这一问题提到了政务院第93次政务会议上。该会议讨论通过了《关于改善各级学校学生健康状况的决定》。

　　将外国教会学校和接受外国津贴的学校收归国办，夺回长期为帝国主义国家和宗教势力所霸占的文化阵地，是一场维护国家教育主权的没有硝烟的战争。斗争是从中国政府接管辅仁大学开始的。1950年9月25日，马叙伦代表教育部召见天主教罗马教会驻辅仁大学代表芮哥尼谈话，并发表书面谈话，阐明了新中国的教育政策，并义正辞严地驳斥了其诬蔑中国干涉宗教自由的谰言，严正谴责教会进一步侵犯中国人民教育主权的行径。10月12日，马叙伦就我国政府接管辅仁大学一事招待记者，再次发表书面谈话，明令收回自办是单纯的教育主权问题，与宗教信仰毫无关系。1951年1月教育部召开“处理接受外国津贴的高等学校会议”，马叙伦到会讲话，重申中华人民共和国不允许外国人在境内办学的方针。会上确定了处理这类学校的原则、办法和措施，首先集中力量解决那些接受美国津贴的学校的接收问题。会后有11所学校改为公办；9所学校改为中国教育工作者完全自办，仍维持自主，政府给以补助。

　　这是中国人民维护教育主权的重大胜利。马叙伦自二十年代即提出收回教育主权的愿望，在人民取得政权后，终于梦想成真！他十分欣慰。在这场复杂而且政策性很强的斗争中，马叙伦准确地把握并坚决贯彻执行了中共中央和政务院确定的方针政策，对取得斗争胜利起到了重要作用。

　　此外，马叙伦还领导教育部召开了社会教育、职业教育以及业余教育会议，举办了全国初等教育展览会。

　　就这样，马叙伦主持的教育部，在党中央和政务院的领导下，在旧教育可怜的烂摊子上，为了建立新中国“民族的、科学的、大众的”文化教育，带领全国师生，披荆斩棘，开拓前进。短短三年的时间，马叙伦领导教育部，研究和讨论了总的教育方针和各级各类教育的方针、政策、发展方向，分门别类地制订了一系列的指示、规程、决定、条例、方案、办法等法规性文件。通过一系列会议和工作，达到了统一思想，明确任务，群策群力贯彻党的教育方针政策的目的，也使人民教育事业从它起步开始就方向明确，有章可循，从而保证了各级各类教育事业的健康发展。恰如马叙伦在《三年来中国人民教育事业的成就》中所说，“从根本上改变了旧中国半殖民地、半封建的教育状况，整个国家的教育机关和教育事业，已经是完全属于人民，成为为人民服务的工具了”。人民教育事业的发展为我国大规模的经济建设和文化建设高潮准备了重要的条件。

　　1952年12月，马叙伦改任高等教育部部长，集中领导占有突出地位的培养高级建设人才的工作。

　　早在1950年6月，他就主持了第一次全国高等教育会议。在这次会议上确定了对旧的高等教育进行坚决改造、逐步实现的方针，包括对教育制度、领导体制、教育内容、教学组织和教学方法的改革。高教会议后，马叙伦和教育部领导各高校在这些方面做了大量的具体工作。其中带有全局性的是院系调整。遵循“以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合性大学”的方针，到1952年年底，全国已有四分之三的高等学校进行了院系调整并开始有计划地开展专业科系设置工作。1953年院系调整的重点仍是“着重改组旧的庞杂的大学，加强和增设工业高等学校，并适当地增设高等师范学校；对政法、财经各院采取适当集中。”调整工作的部署，“以中南地区为重点”，华北、华东三区主要进行专业调整。西南、西北两区进行局部的院系或专业调整。又经过半年多的工作，院系调整基本完成。我国的许多省份都有一所综合性大学并设有工、农、医、师等专门学院；几所大学已改造成为多学科的工业大学；在高等工科院校中，基本建成机械、电机、土木、化工等主要工科专业比较齐全的系，设置了294种专业，其中工科137种。由此开始改变了旧中国不能培养比较配套的工程技术人才的落后状况。在当时历史条件下，它不但从根本上改变了原来大学设置混乱、系科重叠、教学脱离实际的状况，而且能按照国家建设的需要，有计划地培养各项专门人才，为各方面建设事业服务。