经历了辛亥革命和五四运动斗争洗礼的马叙伦，不仅丰富了斗争经验，而且成了坚强的民主战士。在反动军阀统治下的旧中国，军阀关心的只是扩大地盘，满足私欲，因而肆意扩充军队，缩减和挪用政府的其它经费，尤其是教育经费。教职员工的薪金经常被拖欠，加以纸币一年之内几度贬值，所得难以维持生活，他们饥寒交迫，难以生存。时任教职员联合会书记（后任主席），深孚众望的马叙伦，又领导了北京大中学教师发起的“索薪”斗争，要求政府清偿旧欠，改发现大洋。他不辞辛苦，代表全市教职员同军阀政府的教育部、国务院交涉，均遭到无理拒绝。北京国立八所院校（北大、医专、法政、农业、工业、男女两高师、美术）被迫罢教、罢课，并迅速波及全市。对于罢课，教授陈独秀和代理教务长胡适不赞成，他们以为受“五四” 学潮影响，学生耽误了考试，应予补考，学校秩序也需恢复。马叙伦则认为军阀政府始则敷衍，继则高压，手段卑劣，必须以坚决态度对待，方能达到胜利；况且教师食不果腹，又何以安心从教。在“教联”的猛烈攻势下，北京政府接受了马叙伦等代表的合理要求，“索薪”斗争暂时取得了胜利。
1921年春，北京各学校工资再次停发，“教联”推举马叙伦等三位代表前往国务院、总统府情愿，政府十分骄横，不予理睬。国立八所院校教师愤然总辞职，学生上街游行，支持教师的“索薪”斗争。但政府变本加厉，竟召开财政会议悍然把教育经费再次挪作军用。郁积已久的革命风暴爆发了。6月2日，京师公立小学以上学校男女学生赴国务院请愿读书，22人被禁闭遭受虐待，军警对十几岁的中小学生绝其饮食，冻其体肤，终于引燃起“六三事件”的烈火。6月3日，上万名教职员、学生奔赴总统府，向总统徐世昌请愿，严正提出立即释放被囚学生和教育基金、教育经费独立的要求。马叙伦和李大钊走在队伍的前面，遭到到荷枪实弹的卫兵阻拦和殴打。卫兵用枪托、刺刀胡乱刺击手无寸铁的教师、学生，马叙伦和几个同事都被打得头青脸肿。马叙伦怒斥宪警：“你们只会打自己中国人，你们为什么不去打日本人？”胡适在当天的日记里也写道：“夷初血流满面，犹直立大骂‘你们为什么不要脸，都跑了！’”另据马叙伦回忆：我这次受伤，在左脑和腰部，血“瘀积在脑上，时时发痛”。
马叙伦等在“六三事件”中的受重伤者被送往医院，受到特务、军警的监视。马叙伦失去了人身自由，想转到条件较好一点的东交民巷法国医院都未获准，遂于6月11日绝食抗议。李大钊为此在《晨报》发表《最悲痛最紧要的一件事》，声援并劝慰马叙伦。胡适也赶到医院，和学生代表慰问马叙伦。“六三事件”震惊全国，远在广州的孙中山拍发了义正词严的电报：“在伪政府之下，决无教育发展希望，况复摧残至此。欢迎全体来粤，共商进行。” 威信扫地的北洋政府慑于社会舆论的压力，拨发了部分欠薪并同意另拨两百万证券作为京师学款的准备金。其后，“大总统”徐世昌辞职。
孙中山的电报声援了北京师生的正义斗争，也使马叙伦了解了孙中山，了解了第一次国共合作时期的国民党。
1923年，孙中山接受中国共产党的建议改组国民党为革命的联盟。马叙伦向往革命，接受孙中山先生的三民主义思想并组织北大学生成立民治主义同志会，“从事社会改造，研究中山主义”。同年冬，马叙伦等民治主义同志会员履行了集体加入国民党的手续。国民党第一次全国代表大会召开之前，马叙伦委托北京代表许宝驹向孙中山转达他的建议：“革命一定在几年里成功的……我觉得现在已是急需预备的时候了。请总理注意设两种机关，一个专门做调查工作，一个专门做研究工作，调查的材料供给研究，研究的结果来做计划，免得措手不及。” 此时的马叙伦对国民革命的前途充满信心，不仅满怀对中华民族未来的美好憧憬，而且对国家的未来做出了前瞻性的理性的思考。这些建议得到了孙中山的赞许，其中“研究”一项被采纳。
1924年1月国民党“一大”召开。大会通过了“宣言”，重新解释了三民主义，确立了“联俄、联共、扶助农共”三大政策。会后在北京成立了国民党执行部，负责北方十五个省市的党务工作，李大钊任组织部长，秘书蔡和森，马叙伦任宣传部长。
国民党“一大”召开期间，无产阶级的革命导师列宁逝世。北京学生联合会、马克思学说研究会等进步团体在北京举行遥祭大会。马叙伦应邀致悼词，他沉痛指出：“列宁为全世界劳动领袖，全世界平民革命的首领，全世界弱小民族的提携者，马克思学说的大师。”在当时国内对列宁普遍缺乏认识的时候，显示出他卓越的见识。会后马叙伦与李大钊、郁达夫等47名教授联名致函外交总长顾维钧，要求恢复中苏邦交。
这一期间，北京医专、美专、农专和女高师接连发生几起学潮。马叙伦爱护进步学生，恪守孙中山先生“联俄、联共、扶助农共”三大政策，掩护共产党人。教育部曾得到一份内务部咨文，说是“共产党首领李寿长在各校活动”。时任教育部次长的马叙伦意识到“寿长”是“守常”的讹写，冒着风险压下了这份文件，并辗转通知李大钊转移使其脱险。
1924年底，孙中山扶病进京在协和医院治疗，次年2月移居铁狮子胡同，马叙伦经常前往看望。3月11日夜，孙中山秘书杨杏佛打来紧急电话，马叙伦赶到了铁狮子胡同，孙先生已仙逝。痛定思痛，马叙伦赋七律一首追怀孙中山先生：
先生毕竟是人豪，天下为公字字敲。
思想每随时代进，坚贞不为大风挠。
奔走卌年余薄产，缠绵一病返天曹。
使公今日犹操国，郭李勋名未足高。
这首诗不独是对孙中山先生一生的评价，也是马叙伦个人心志的流露，是为自己定下的人生航标。
1925年4月，马叙伦重返北大执教。5月30日，上海发生了英、日帝国主义枪杀十几名中国工人的“五卅”惨案，引发上海30万工人罢工，北京各校学生罢课声援。马叙伦当即联合各界人士组成“沪案后援会”，除日日驻会操劳处理援助工作外，还亲自发动了英驻华公使馆的中国雇员罢工，使馆停电、停水，日用起居，均非常困难，给英帝国主义分子以沉重打击，有力地支援了上海的工人运动。马叙伦的爱国活动给帝国主义的走狗段祺瑞政府惹了麻烦，他们派特务跟踪监视，马叙伦毫无畏惧，照常办公。一日，特务跟踪到后援会，马叙伦突然下车迎向特务，凛然怒喝：“你奉了谁的命令跟我？”特务仓皇逃去。
1926年“三•一八”惨案发生后，段祺瑞政府以“倡乱罪”通缉李大钊、陈垣、马叙伦、邵飘萍、林语堂、周树人等54名批评政府的左翼教授，马叙伦又一次避往东交民巷的法国医院。4月，张作霖的奉军开进北京，枪杀了《京报》总编邵飘萍，形势愈加险恶，马叙伦化装成商人离开北京，来到杭州。
同年，北伐军逼进浙江，马叙伦劝说好友浙江省长夏超宣布独立，响应国民政府北伐。夏超兵败遇害，马叙伦割去留了二十多年的长须辗转逃亡，后与蔡元培结伴避难象山。1927年2月，北伐军攻占杭州，3月浙江省政务委员会成立，马叙伦和蔡元培担任政府工作。马叙伦在任省政府委员兼民政厅长期间，从“吏治”入手，慎重选任县长和警察所长。投机革命钻营一官半职的人设法探听马叙伦的兴趣爱好，通过各种关系送来精巧折扇和珍贵文物。勤政廉政的马叙伦，不仅一概拒绝，而且从登记册上勾掉了这些行贿者的名字，一时政风肃然。
斗争的风风雨雨，身边倒下的青年学生的热血，使马叙伦认识到教育救不了国，而逐步把主要精力从整理国故转移到实际的社会革命运动中去。
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