1948年末，马叙伦和郭沫若、许广平等在中共帮助下，经过长途跋涉，终于从香港辗转来到东北解放区。他与党政负责人交谈，深入了解解放区的全貌，满怀热情地参加联欢会、座谈会、报告会，进行访问和参观，深受鼓舞，决心建立新中国积极贡献力量。
平津战役打响后，国民党反动统治面临绝境。美蒋集团一面组织残余军事力量，在长江以南和边远省份垂死挣扎；一面玩弄新的和平阴谋，争取喘息时间，以便卷土重来。在此情况下，有一些冒充人民朋友的“自由主义人士”，出来“奉劝”共产党对敌人“怜惜”、“仁慈”，接受美蒋集团的“和平”。有人甚至主张以长江为界，搞所谓“南北朝”。蒋介石也发出“求和”声明。对此，中国共产党中央发出了“将革命进行到底”的伟大号召。毛泽东主席于1949年1月14日发表了关于时局的声明，提出了惩办战争罪犯、废除伪宪法伪法统、改编反动军队、没收官僚资本、实行土地改革、废除卖国条约、召开没有反动分子参加的政治协商会议、成立联合政府等八项和平谈判条件。
马叙伦深知除恶务尽方能奠无疆之大业的道理。1949年1月22日，他与李济深、沈钧儒、郭沫若、谭平山、彭泽民等五十五人，联名发表了题为《我们对时局的意见》的声明，表示：毛泽东先生发表的对时局的宣言，“提出了真正的人民民主和平的八项条件，这正是对于蒋介石所提出的无耻要求的无情反击，我们是彻底支持的”。同日，在马叙伦领导下的中国民主促进会在香港发表了《为争取永久和平宣言》，揭露蒋介石的“求和”是“企图阻止革命力量向前发展，挽救他将被灭亡的命运”。《宣言》提出，为了实现国内永久和平，要在共产党领导下，“团结在反帝、反封建、反官僚资本的人民解放革命底目标下，……彻底一致合作到最后的成功”。
此时，民进总部也暂时迁移到解放区。不久，马叙伦领导民进召开了进入解放区后的第一次正式理事会议。他认为，“新民主主义是全国人民在现阶段一致要求实行的主义”，确定“本会当尽力与中共及其他党派……一致努力促其迅速实现”，为今后的指导方针。这次会上，马叙伦还被推举为民进总发言人。会后，马叙伦与在解放区的王绍鏊、许广平联名发表告会员书，向全国各地的民进会员讲清形势，动员大家与蒋家王朝作最后的斗争。文中特别提醒会员警惕反动派拉拢民主人士的阴谋，指出，“在今日革命目标之下，言‘进行调解’者，即为反民主之行动；走‘中间路线’者，便是真和平之罪人”；“革命与反革命，民主与反民主之间，鸿沟画界，绝无调和之可能”，要求全体会员走彻底革命的道路，并希望他们在各地联合各阶层民主人士，“共同击灭为美帝奴才卖国殃民之反动集团与其首领蒋介石”。
1949年1月31日，平津战役彻底胜利，北平和平解放。消息传来，马叙伦异常欣喜，翌日即与其他民主人士，共五十六人联名致电毛泽东主席和朱德总司令，祝贺平津解放的伟大胜利。赞扬人民解放军，劳苦功高，武功彪炳。表示：“叠奉捷音，不胜振奋，窃愿竭力追随，加紧团结，为中国之建设奋斗到底。”2月2日，收到毛泽东主席和朱德总司令复电，“……诸先生长期为民主事业而努力，现在到达解放区，必能使建设新中国的共同事业获得迅速的成功。……”马叙伦读后深受感动，决心不辜负党和人民的厚望。
2月3日，马叙伦与沙千里、沈志远、王绍鏊、许广平、罗叔章等六位上海人民团体联合会理事联名发表告上海同胞书，呼吁上海人民团结起来，无情地粉碎蒋介石反动集团的和谈阴谋，为全部实现毛主席所提出的八项和平条件努力奋斗。
2月25日，马叙伦同李济深、沈钧儒、郭沫若等一行三十五人，由林伯渠陪同，乘专车抵达北平。阔别十二年的故都，严冬已去，春回大地，马叙伦倍感亲切。
2月26日，中国人民解放军平津前线司令部、北平市军事管制委员会、北平市人民政府、中国共产党北平市委会，在中南海怀仁堂举行盛大的欢迎大会，热烈欢迎各方民主人士、各团体的代表。马叙伦在会上发表了演说，他赞扬了中国共产党的领导，指出，在中共领导下，各民主阶层人士经过自身的觉悟，已经团结起来向国民党反动政府进行共同的斗争，所以必然会得到完全的胜利；到了解放区后，更相信革命必然成功。革命进展这样迅速的原因是中国共产党时时只为人民的利益，完全站在人民的立场上，全心全意为人民服务。我们要好好学习他们的精神，思想上也可以豁然贯通；革命要彻底，不但要解放全国人民，而且要解放全世界被压迫的人民。马叙伦还代表民进全体成员向毛主席致以敬意。
接下来，马叙伦应邀参加了许多座谈会，其中就有关于北平解放后大学教育管理问题的座谈会，座谈了大学的机构调整与合并问题，国立大学的课程改革问题，私立大学的接管方针等；听取了钱俊瑞“关于北平文教接管工作”的报告，他感到新中国教育事业的前途无限光明。3月25日，中共中央及解放军总部由河北平山县西柏坡迁至北平，党和国家领导人毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德、任弼时、林伯渠等在下午四时到达，马叙伦同各民主党派领导人和无党派知名人士前往西苑机场迎接，并陪同毛主席、朱德总司令阅兵。
解放大军渡江后，革命形势迅速发展，中国共产党为迎接全国解放，及早成立人民政府，更加紧进行新政治协商会议的筹建工作。5月中旬，毛泽东主席亲自邀请马叙伦商谈有关政协筹备、经济建设以及外交贸易等问题。5月28日晚，周恩来、林伯渠又邀请马叙伦等民进在北平的理事座谈，讨论有关统一战线和民主党派前途问题。在这两次邀请中，马叙伦心情都异常激动，提出了许多宝贵建议。6月上旬，马叙伦领导民进在北平的理事，认真讨论了《共同纲领（草案）》等，积极参加筹备新政协的工作。
6月15日，新政协筹备会第一次全体会议在中南海勤政殿开幕，参加会议的有各民主党派、无党派民主人士及人民团体等二十三个单位，一百三十四人。马叙伦以中国民主促进会代表的身份参加了会议，并被选为筹备会的常务委员。他多年来梦寐以求的真正民主政治实现了！
16日晚，在新政协筹备会常务委员会上，讨论成立了六个小组，分工负责建立新中国的各项筹备工作。李维汉、谭平山、周恩来、董必武、郭沫若分别担任一至五组组长，马叙伦担任第六组组长，主持拟订国旗、国徽和国歌方案。此外，他还参加了第一组工作，负责拟定出席中国人民政治协商会议的单位及代表名额。他为迎接光明新中国的诞生，日夜忙碌着。毛主席和周总理对此项工作特别重视和关心，两位领导人亲自在中南海召开了国旗、国徽、国歌、纪年、国都协商座谈会。马叙伦领导第六小组主动吸收众多专家、艺术大师参与其事，最后，他们完满地完成了各项准备工作，国旗、国徽、国歌方案先后经人民政治协商会议全体会议通过和提出，又得到中央人民政府通过和公布，这就是沿用到今天的国旗、国徽和国歌。
经过各方面的充分准备，全国人民盼望已久的中国人民政治协商会议第一届全体会议于9月21日隆重开幕。这次会议具有代表全国人民的性质，执行全国人民代表大会的职权。马叙伦和许广平等八人被中国民主促进会推举为正式代表出席了大会，他还被大会推选为主席团常务委员。与会代表在充满民主、团结、和谐的气氛中发言和讨论，并一致通过了《中国人民政治协商会议共同纲领》、《中国人民政治协商会议组织法》、《中华人民共和国中央人民政府组织法》等。 1949年10月1日，马叙伦随同党和国家领导人登上天安门城楼，出席了庄严豪迈的开国大典。毛泽东主席代表四亿五千万中国人民，向全世界庄严宣告：“中国人民从此站起来了！”“中华人民共和国中央人民政府成立了！”这铿锵有力的宣言，象雷鸣一般，震撼山河，响彻云霄。马叙伦感到无限幸福和自豪，巨大的欢乐涌向心头，他禁不住热泪盈眶。
新中国成立后，他被任命为政务院政务委员，文化教育委员会副主任、教育部部长，并继续主持民进会务。马叙伦深深地懂得，革命胜利之后，将开始人民当家作主的新生活，也将开始更其艰辛的建设征途。就这样，他以花甲之年、多病之躯，怀伏枥老骥之心，踏上了新的征程。
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