一、长江流域水资源的状况
长江流域总面积约180万平方公里，占全国国土面积的19%，多年平均降水量1070毫米，水资源总量10000亿立方米，占全国径流总量的35%，整个流域水质总体相对较好。与其它流域相比，长江流域水量相对丰富，自净能力较强。排污总量约占全国的34%，具有水量大、排污量大、总体水质尚好、局部污染严重的水资源基本特征。
随着流域经济高速增长、人口总量扩大和城镇化快速发展，流域水资源保护相对滞后，存在着管理体制不顺，监督执法力度不够，沿江地区经济结构不尽合理，保护水资源意识薄弱等方面问题，导致流域水资源质量不断下降，生态恶化的局面尚未得到根本控制，水质性缺水的矛盾有所加剧，流域水资源保护面临的问题日益突出。
沿长江干支流的主要城市近岸水域污染严重，沿江城市的多处主要取水口难以保证稳定的水质标准；流域内主要湖泊富营养化趋势未得到有效控制，巢湖和滇池富营养化治理效果不明显，鄱阳湖和洞庭湖富营养化问题日益显现。水土流失仍然严重影响长江水资源质量。在全国七大流域中，长江流域的水土流失面积和侵蚀总量均居首位，目前仍有占流域30%的水土流失面积没有得到治理。水资源过度、无序开发引发新的水环境问题。长江流域整体上开发利用程度不高，但局部地区开发利用与生态环境保护脱节，引发一系列环境问题，如部分支流河道断流干枯、石漠化与荒漠化加剧、湖泊和湿地萎缩、长江源头生态恶化、局部地区地下水超采、河口地区咸水倒灌、生物多样性受损等新的环境问题。同时，三峡工程已于2003年6月蓄水，南水北调工程也已动工建设，对三峡水库、南水北调中、东线水源地的保护也将面临较大的压力。
长江维系着全国三分之一人口的饮水安全与全国GDP三分之一的生产用水，作为中华水塔，将通过东中西三线向西北、华北、京津地方提供清洁用水，保护好长江水资源，不仅关系着长江流域的发展前景，而且将影响华北、京津地区的可持续发展，对促进我国全面建设小康社会、保证社会和谐稳定发展有着不可替代的重要作用。
二、长江流域水资源保护中的特殊问题
1.干流近岸水域污染严重，江心水质尚可，污染有向江心转移的趋势
目前，长江的总体水质尚好，干支流局部水污染严重。其中干流有近600公里岸边污染带，这些近岸污染带，大多分布在沿岸200米的范围内。长江沿岸主要城市取水口的位置一般也在近岸200米的范围内，污染严重区同时又是用水集中区。近岸污染是造成长江沿岸一些城市取水困难的主要原因。近岸污染是长江独有的特殊问题。
2.支流污染治理向干流转嫁
对长江流域支流两万多公里水质监测结果表明，超标河段长度约占1/3。黄浦江、汉江、湘江、沱江、岷江、嘉陵江等支流及一些城市内河、内湖污染较严重，对长江干流水质污染负荷影响显著。因此，对长江流域水资源的保护，不仅需要对长江干流进行统一治理，同时也需要对流域内的主要支流、湖泊进行协调治理。由于这些干流、支流及湖泊分属不同行政区划且具有不同地理环境，有着不同社会经济发展背景，涉及各种不同的利益群体。城市将原排入城市支流与湖泊的污染物转排入干流，对干流水质和生态环境造成严重威胁。
3.需要从流域层面上考虑三峡工程对长江水资源保护的影响
三峡工程是目前长江流域最大的控制性工程。三峡水库已于2003年6月蓄水。三峡工程建成后，长江干流的水文、水质情况发生巨大变化。库区平缓的水体自净能力下降，库区水质保护尤为重要，由于下泄流量的改变，必将对中下游主要湿地、水生生物多样性、河口生态环境造成不利影响。
三峡工程建成后将改变长江上中下游污染现状，长江干支流河段纳污能力将发生变化，从而加重了一些行政区域的治污责任。如三峡库区对重庆、四川、湖北三省（市）的社会经济发展、产业布局、污染治理将产生重大影响。
国家对三峡工程给予了高度重视，通过环境影响评价对三峡工程建成后的有关问题进行了充分论证，提出了相应措施，但全面落实需要调整一系列社会经济关系。三峡库区制定的有关管理制度与规定。只涉及三峡库区或三峡工程，不能牵动三峡对整个流域社会经济与生态的影响。三峡工程的影响是全流域性的，需要从全流域的角度协调生态环境保护、治污责任、产业结构调整、生态补偿、生态调度等一系列问题。
4.从流域范围考虑南水北调对长江水资源的影响
南水北调工程是实现我国南北水资源合理配置、优化调控的跨流域调水工程，它涉及长江、黄河、淮河、海河四大水系及多个行政区域。跨流域调水工程涉及的利益主体关系复杂，其水资源保护责任区分不同于同一流域内上下游之间地方责任区分。虽然我国目前的一些制度可用于跨流域调水水资源保护中，但从立法角度看，还缺乏跨流域调水有关水资源保护责任区分的原则和规定，不同的责任机制，将直接导致权利义务主体的差异和水资源保护制度设置差异。现有法规在跨流域调水中水资源保护制度设置上存在空白，不能满足南水北调水资源保护的需要，需要专门对此进行规范。
南水北调对长江水资源的影响还在于工程全部建成后，将从东中西三线北调大量的长江水。这些水资源北调后，长江水资源的减少会影响到长江中下游的生态与水资源状况，特别是对长江流域中下游地区的水生态环境、用水安全以及社会经济的发展产生影响。因此对南水北调的水资源保护规范，需从流域范围内来考虑。
5.上中游水电开发的累积效应对长江生态与供水安全的影响
长江流域（包括西南诸河，下同）蕴藏着丰富的水能资源，长江上游和西南诸河水力资源开发条件优越。一是绝大多数水电站技术经济指标好；二是水库淹没损失较小；三是几条大河的落差大而集中，流量大且相对稳定，每条大河上都能找到调节性能好的“龙头”水库。而长江流域属能源短缺地区，人均能源不仅远低于世界平均水平，而且也远低于全国平均水平，一次能源供应的形势十分严峻；而在各种常规能源中，水力资源丰富，煤炭、石油等化石燃料能源较少，分别占全国总量约60%、7.7%、2.4%。开发利用长江流域水力资源，是解决长江流域电力能源问题的合理途径。
但是，水资源的水电开发利用，一般需要修建大坝水库，淹没土地、迁移人口、改变河流水文特征和河流生态系统，对生态环境产生影响。同时，河流上一系列的水电开发利用还涉及到防洪、航运、灌溉、供水、环保以及跨流域调水等多方面的问题。这些水电工程的建设，将改变长江原有地质地貌，造成长江水生生物洄游通道被人为阻塞，影响水生生物和水域生态。由于每个水电站都是一个市场利益主体，都会寻求其市场利益的最大化，这样水电调度与生态调度上就存在着必然的冲突，解决冲突机制缺乏规范。特别是已有的2000多座水电站对全流域生态影响的累积效应及其对长江流域中下游地区生态安全与用水安全的冲击，缺乏相应的法律规范。
6.长江流域生态功能的独特性与重要性需从流域层次上的统一保护
据不完全统计，长江流域现有水生生物1100多种，其中鱼类370多种、底栖动物220多种和其他上百种水生植物。由于在水产种质资源特别是名特优鱼类资源方面具有得天独厚的优势，长江流域被誉为我国淡水渔业的摇篮，鱼类基因库和经济鱼类的原种基地。长江丰富的水生生物资源，与生态类型多样性，在促进长江渔业乃至沿江地区经济社会发展、维系长江流域生态平衡和生物多样性、保障国家生态安全方面发挥着重要作用。但目前污染治理，生态保护与渔业养殖等方面，缺少流域性综合协调。
7.治污责任的特殊性需要从流域角度进行规范
流域中三峡控制性工程的建设，主要是以固有投资进行的，它将从流域整体上改变治污的格局，因此整个流域的污染治理存在独特性。一方面，上游的污染（水土流失造成的污染、工业污染与生活垃圾污染、农业面源污染等）在工程建成后将影响水库水资源的状况与水环境安全，造成上游的污染转移至库区。而由于库区特殊的水流条件，水库污染的治理将变得十分困难，因此必须重新划分上游相关省市与地区的污染治理责任，减少入库的污染量。另一方面，整个流域水资源保护涉及中央、地方及排污单位的治理责任，这些责任的区分与协调难度是别的流域无法比拟的。亟需从流域角度进行规范。
三、解决长江流域水资源保护的法律问题
1.流域管理机构的强化
流域管理机构的法律地位，虽然在水法中得到确立，但由于流域管理机构仅规定为水利部设立的，行使水利部授权的职责，因此流域管理机构的职能与法律地位还较弱，对现有的长江流域水资源保护局实行的水利部、国家环境保护总局双重领导体制没有很好落实，特别是在水污染防治上的职能弱化，不能够适应长江流域水资源保护的需要。强化流域管理机构的法律的地位，主要是确立流域机构统一管理长江流域水资源的职责，加强对流域水资源保护中区域政府的协调、指导与监督职能等。
2.流域管理与区域管理制度的完善与细化
水法虽然在水资源综合管理模式方面，增设了流域管理的内容，确立了流域管理机构的管理地位，但在流域管理与区域管理相结合中，流域管理机构与区域管理机构之间的界定不清，影响了流域综合管理的效力。因此必须对此进一步细化，明确流域管理与区域管理各自职责范围。特别是在水资源保护上，流域管理机构与地方行政区域之间的关系，从而真正实现流域水资源生态功能与经济功能的综合保护。
3.确定纳污能力的法律效力
水法从水体的自净能力与生态恢复能力出发，规定了水域纳污能力，并规定了相应的提出程序，并以此作为整个流域水体排污的依据。但由于对其法律效力缺乏相应的协调，而水污染防治法中规定的是污染物排放总量控制制度。当有关部门不依据水域纳污能力进行相关的排污总量控制与排污量的分配时，没有明确规定其法律责任。因此需要进一步强化水域纳污能力的法律效力，规定其为核定整个流域排污总量的依据，有关部门必须据此核定相关区域的排污总量，在此范围内
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