1946年5月以后，周建人连续发表《论内战应即停止》《再论内战必须立即停止》以及《论反民主逆流急须遏止》《论半殖民地法西斯的特质》《论法西斯分子罪行》《论美国干涉中国内政》等政治论文。在这些文章中，他运用马克思列宁主义的观点和辩证唯物主义方法向人民指明：在国民党内有一部分好战的官员，正在“积极调兵遣将，布置全面的内战。”他指出：“内战不止，政治不民主，农民的苦痛不已。”他还批驳了有些人认为只要共产党让步，或者交出武器，内战便可以不打的错误观点。他说：“赤裸裸地说起来，文字上，常常称为国共两党之争的，骨子里其实是官僚买办阶级地主、有些大资产阶级与工农大众的争执。”因此，国共两党之争，绝不是一般的观点之争，而是压迫与反压迫、剥削与反剥削、民主与反民主的斗争，是一个中国向何处去的重大原则问题争论。他以确凿的事实为依据，说明国民党反动派代表了极少数人的利益，连国民党内的进步份子也反对他们；而共产党代表了最广大的人民的利益，是革命的、民主进步的力量，是为争取人民大众基本的生存权利而斗争的。因此，他们的斗争是正义的，深得人心的。

　　1946年5月，民进和上海人民团体联合会决定组织上海人民反内战运动大会，反对蒋介石发动内战。当时，南京正在进行国共两党和平谈判，而蒋介石毫无和平诚意，他自恃军事上的优势和强大的经济实力，发出“三个月可击破共军”，“六个月内可完全解决共产党问题”的叫嚣。在这样的形势下，中国民主促进会提议反内战大会还应推派代表赴南京请愿，直接向国民党当局呼吁和平。

　　6月23日，上海150多个人民团体发动近10万群众，在上海北火车站集会，热烈欢送以马叙伦团长为首的上海人民和平代表团赴南京请愿，并在会后举行声势浩大的示威游行。周建人虽已年近花甲，肺病又刚有所好转，仍不避风险，与民进的其他领导人一起参加了这一活动。他亲自到车站送行，并始终走在游行队伍的前列。

　　当天下午，当马叙伦所率领的和平代表团到达南京下关车站时，早已等候在那里的国民党反动派蓄意制造事端，指使特务、暴徒对代表团团长马叙伦及代表团成员行凶殴打，制造了震惊中外的“下关事件”。周建人和其他在沪爱国民主人士一道奋起反对，痛斥国民党反动派的野蛮暴行。在南京参加和谈的中共代表周恩来，亲自赶到医院慰问受伤的马叙伦及其他伤员；在延安的毛泽东主席、朱德总司令也分别致电表示亲切的慰问。

　　“六二三”下关事件撕下了蒋介石政府和平谈判的伪装，进一步暴露了他们坚持内战、残暴镇压人民革命的反动面目。广大人民群众从中受到教育，丢掉了对国民党政府的幻想，认识到只有积极行动起来，投入到反对内战的人民运动中去，内战才有可能被制止。“六二三”下关事件也使周建人进一步认清：只有中国共产党才是中国的真正希望之所在，他的革命意志更加坚定，与中国共产党的关系更加密切。

　　1946年7月，国民党反动派在美帝国主义的大力支持和策动下，公开破坏和谈，悍然向解放区发动大规模的全面进攻，解放区军民奋起自卫，全面内战爆发了。在国统区，蒋介石集团进一步强化独裁统治。他们派出特务暗杀了著名民主人士李公朴、闻一多。又先后禁封了《民主》《周报》等一大批进步刊物。在此时刻，周建人与马叙伦、许广平等人联合上海各界知名人士，纷纷发表文章，尖锐地指出：“人民的口是终归封锁不住的，文化是终归虐杀不了的。”他们呼吁“全体人民一致起来，争取人民所应有的自由权利。”

　　但是，国民党当局总是低估革命人民的力量，过高估计自己的力量。他们把中国共产党的一再呼吁当作软弱可欺，把爱国民主人士的和平要求当作耳旁风。1946年12月，他们进一步炮制了伪“国大”，制订了伪“宪法”，他们还出卖海、陆、空主权，与美帝国主义签订了所谓《中美商约》。1947年7月4日，又悍然颁布《勘平共匪叛乱总动员令》，妄图消灭共产党和人民军队，消灭一切人民进步力量。民进领导人并没有被敌人的气势汹汹所吓倒。针对国民党反动派对民进组织的无耻诬蔑，民进在《文汇报》上发表了《致张院长（岳军）的公开信》，彻底揭露了反动当局的奸计，严正宣告自己是“民主运动之团体”，目的在“促进民主政治之实现”，决不惧怕反动派的诬蔑，亦决不因恐吓压迫而受阻。不久，中国民主同盟被宣布为非法组织勒令解散，民进领导人也处于敌人的枪口之下。为了避免不必要的牺牲，在中国共产党的帮助下，马叙伦、王绍鏊等民进领导人于这年冬天离开上海，转移到香港继续从事爱国民主运动。周建人等仍留在上海，继续领导民进及其他爱国人士坚持反蒋爱国斗争。

　　周建人具有强烈的爱国主义和高尚的道德情操。1947至1948年间，国民党统治区的知识分子处境十分困难。当时，有一个外国组织为了拉拢中国的高级知识分子，曾给一些知名人士送东西，他们也给周建人送去大米、面粉和火腿等物。周建人说：“不义之财，不敢领教。”坚决拒收，把东西全部退了回去。这一鲜为人知的事实告诉我们，即使在最困难的境遇下，周建人仍坚持反帝爱国立场，保持崇高民族气节，清廉淡泊，不义之物，虽一毫而莫取，维护了国格、人格的尊严。这种高风亮节又是多么的可贵。

　　1948年4月，在黎明前最黑暗的日子里，由他的老战友、老党员艾寒松同志介绍，周建人毅然加入了中国共产党。按照党章规定，入党需要两位党员介绍，入党后还须预备期。周建人入党时只一位党员介绍，也无预备期。这是根据当时的特殊情况，特别是根据周建人一贯对党的忠诚和对革命事业的特殊贡献，由中共中央特批的。遵照党的指示，为了有利于他在国统区的活动和斗争。周建人一直没有公开过自己的党员身份，连自己的妻子、女儿也不知道。

　　疾风知劲草，患难识人心。在马克思列宁主义、毛泽东思想的哺育下，经过血与火的严峻考验，在尖锐复杂的革命斗争中，周建人终于实现了世界观的根本转变，由一个追求真理不断前进的爱国主义者，转变成为一个共产主义者。正如江泽民同志1989年9月29日在庆祝新中国成立四十周年大会上的讲话中所指出的：“在当代中国，爱国主义和社会主义，本质上是统一的。历史证明，坚定捍卫中华民族尊严、期望中国繁荣昌盛的爱国者，大都会成为忠诚的社会主义者或社会主义的可靠朋友。”周建人成为共产主义战士的事例，同样雄辩地证明了这一点。

　　1948年秋天，根据党中央的指示，周建人一家悄然离开上海，乘船北上到达天津，然后，又辗转到了当时中共中央的所在地——河北省平山县李家庄，受到中共中央统战部机关干部和解放区军民的热烈欢迎。

　　1949年元旦，周建人在解放区度过了第一个新年。这天夜里，中国共产党中央委员会毛泽东主席在西柏坡设宴，招待来自解放区的各民主党派爱国人士。周建人偕夫人应邀出席。会上，当介绍到他“这位就是鲁迅的弟弟周建人先生”时，毛泽东高兴地和他热烈握手，对他突破重重封锁前来解放区工作表示热烈欢迎。这次宴会时间不长，但毛泽东那宽广的胸怀、尊老重贤的态度，以及质朴的穿着，给周建人留下深刻印象。

　　1949年2月，北平和平解放后，周建人等随中央机关到达北平。同年4月18日，他被任命为华北人民政府教育部教科书编审委员会副主任。