随着经济体制改革和市场的转型，农村卫生工作失去了集体经济的支撑，卫生筹资机制、办医形式及农民的健康保障制度等受到极大影响，严重制约了农村经济和社会事业的发展，成为当前农村面临的一个突出问题。
一、当前农村卫生工作的状况
1、公共预防保健服务体系脆弱。当前由于一些乡镇公共卫生机构各种设施配备较简陋以致一些地方病和传染病发病率和患病率呈上升趋势。
2、贫困农民看不起病。据调查，在贫困农村的乡镇应住院而未住院病例中有40％一50％是由于经济凼难，39％的病人因经济困难自己要求出院。在农村地区看不起病和因病致贫，因病返贫的问题已十分突出，成为影响农村经济发展，影响农民生活的重要因素。
3、许多乡镇卫生院生存艰难。首先，乡镇卫生院普遍房屋简陋，设备、设施差，医务人员的素质较低。其次，乡镇卫生院退休人员多，供养困难。有的乡镇卫生院资不抵债，已经关闭。
4、农村卫生技术人才严重匮乏，素质普遍偏低。这是当前农村卫生工作中的一个突山问题，甚至很多村卫生所卫技人员从未接受过系统医学专业培训。一方面，由于乡镇卫生院不设高级职称岗位，医生也无资格评高级职称，使得许多医生看不到前途而不安心在乡镇卫生院工作。另一方面，乡镇卫生院被看作是旱涝保收的肥缺，不少人通过各种关系往里挤，造成乡镇卫生院普遍人员过多，人浮于事，效率低下。乡镇卫生院长普遍反映，在完成目前工作任务的前提下，减员50％没有问题。
5、农村环境污染严重，公共环境设施建设严重滞后。随着农业生产和农村乡镇企业、个体私营企业的发展，农村小城镇建设步伐的加快，农村垃圾和各类污染物的产生量越来越人。而且大部分乡村还没有建立环卫清运作业系统，农民将垃圾往房前屋后随意倾倒，河滩、低洼地成了天然垃圾箱。
二、加强农村卫生工作的几点建议
1、进一步提高对农村卫生工作的认识，逐步加大对农村卫生的投入力度。
农民健康关系到农村经济发展和社会稳定，关系到我国广大农村地区小康生活水平的实现。政府对发展卫生事业和保障人民健康负有重要责任。在稳定城市医疗卫生事业投入的前提下，加大向农村卫生的投入力度，关键是落实卫生投入占财政支出的比例，确保卫生投入的增长幅度不低于败政支出的增长幅度。建议：各级政府(包括中央政府的补助和转移支付)对农村卫生工作投入的幅度，应以立法的方式固定下来，使投入确有保障。
2、尽快建立和完善合作医疗和医疗救助制度，减轻农民的疾病负担，减缓农民因病致贫和因病返贫。鉴于目前农村居民因病致贫、返贫的问题日益严重，建立和完善农村基本医疗保障体系势在必行且迫在眉睫。建议利用早已推行的合作医疗，以合作医疗为基础或基本框架，逐步构筑农民基本医疗保障制度。要探索合作医疗在市场经济条件下的筹资、组织、管理、监督形式，做到与时俱进，积极探索实行区域性大病统筹，使合作医疗能真正起到作用。教育农民自身要有投入，形成疾病的互助共济机制，也要使其知晓，参加合作医疗并不等于马上就受益。要让参加的农民都能得点好处，如一年为农民做一次体检等，吸引农民参加。各级政府的适当投入是合作医疗资金的重要组成部分。各级财政均应设立合作医疗的启动资金和每年一定数额的合作医疗辅助金，来支持农村合作医疗的开展。此外，办好合作医疗不单单是卫生部门一家的事，政府要做好合作医疗的多部门政策协调和指导工作。
3、深化卫生体制改革，调整优化卫生结构和布局。将现有的乡镇卫生院人、财、物权力统一上收到区县，由县级政府或职能部门进行全方位的、整体的合理布局和资源配置，彻底改变目前农村卫生资源不足与过剩并存的状况，改善服务条件。用新的运行机制公开招聘院长，充分发挥法人代表的作用，赋予院长一定责任，给予充分的人事权、分配权。同时，在国家财力补偿不足的情况下，可以探索多渠道、多形式的发展农村乡镇卫生院的新路子，可以采用吸纳社会资源，对已有的乡镇卫生院实行股份制或股份合作制改造，使社会资源得到有效配置，从而提高农村医疗卫生的服务质量。
4、以人事制度改革为突破口，减员增效，加强农村医疗卫生机构的改革和管理，增强活力。卫生、人事等有关部门应该紧密配合，制定相关政策，通过加强准入管理、推行全员聘用制等措施，畅通人口和出口，加强内部改革和管理，建立新型运行机制。应把减员增效、分流多余人员作为当前推进农村卫生改革与发展的重点工作来抓，加强督导，检查实效，一定要动真格，有再大的困难阻力也要推行。此外，应研究利用政策杠杆，吸引高层次卫生技术人才到农村服务。要制定措施，严格执行“城市卫生技术人员在晋升主治医师和副主任医师之前，必须分别到县或乡卫生机构工作半年至1年”的规定。
5、各级政府要把农村公共环境建设工作作为提高农民生活质量的重大问题来考虑。一是对村镇公共环境建设制定标准，明确乡镇主要领导和分管领导抓公共环境建设的工作职责，加强考核且考核结果要与评选先进、领导人晋升、乡镇干部的奖金挂起钩来。特别建议各级政府尽快对农村垃圾和污染物的现状进行全面调查，摸清底数。二是通过各种途径，向农民群众特别是乡村干部宣传环境保护，公共卫生等知识，倡导文明、健康的生活方式。
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