在司法实践中，司法鉴定具有重要作用。但现行的司法鉴定制度没有专门的法律予以规范。司法鉴定机构的设置无序和重复；管理体制混乱；鉴定人员专业技术水平参差不齐；司法部、部分地方人大、最高人民法院相继制定的一些规章、地方性法规和规定，但在一些重大问题上存在分歧，具体措施不协调，甚至相互矛盾。不仅影响了司法鉴定管理工作的正常秩序，而且造成实践中错误鉴定、利用鉴定结论徇私舞弊等现象时有发生，破坏了司法公正，降低了司法效率，提高了司法成本，也给司法机关和当事人在人力、物力、财力和精力上都带来极大的浪费。与此同时，限制鉴定次数、搞“终局鉴定”等作法，也与现行法律产生了直接冲突。对此，广大群众反映十分强烈。
党的十六大提出要推进司法体制改革，改革司法机关的工作机制，逐步实现司法审判和检察同司法行政事务相分离。并提出在2010年形成中国特色社会主义法律体系。在我国司法体制正处在改革过程中，从解决司法鉴定管理工作存在的问题出发，从完善和统一我国司法鉴定制度的角度考虑，建议通过立法建立规范的司法鉴定管理体系，把司法鉴定管理纳入规范化、法制化轨道。为此提出建议：
我国司法鉴定存在的问题必须通过立法，通过立法建立规范的司法鉴定管理体系来解决。可以采取制定一部法律，也可以在多个法律中规定相关事项。主要应包括以下内容：
1、侦查机关(包括公安机关、国家安全机关以及检察机关负责自侦案件的部门)可在内部设立的鉴定部门，为侦查犯罪提供技术鉴定支持。检察机关(除自侦部门外)和审判机关不应设立鉴定机构从事鉴定业务。最高人民法院在2001年11月和2002年4月，分别下发的《人民法院司法鉴定工作暂行规定》和《人民法院对外委托和组织司法鉴定管理办法》，在法律规定其不设鉴定机构时应废止。
2、其他从事司法鉴定业务的机构都是独立享有权利和承担义务的社会服务性组织。按照《中华人民共和国行政许可法》的要求，对从事司法鉴定的社会服务性组织机构，应有法律规定某一行政机关向其发放行政许可证。目前，全国已有10多个省市通过地方立法，赋予了司法行政机关这一职能。但内容有差异，而且司法部和许多司法行政机关还没有得到法律的授权。
3、如果法律明确规定司法行政机关负责向其他从事司法鉴定业务的机构发放行政许可证，那么司法行政机关作为司法鉴定的行政管理部门也不应设立鉴定机构。
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