农村合作医疗制度的创举曾使广大农村居民在解放后物质生活匮乏、生产力水平较低的条件下，得到了最基本的医疗和预防保健服务。但是，以家庭联产承包责任制为基础的农村经济体制改革使这项创举的运行环境发生了巨大变化，这种旧的农村合作医疗制度运转艰难，基本上已经解体。这是许多农村居民记忆犹新的事情，而且潜移默化地影响到他（她）们对农村新型合作医疗制度的理解与认识。
当前，农村新型合作医疗试点工作也遇到了许多急待解决的问题。突出表现在：（1）农民自愿加入的动机不一样，多数农民过于看重实惠、缺乏风险防范意识，出现了“有病参加统筹的积极性高，无病参加统筹的积极性低”、“老年人参加统筹的积极性高，青壮年参加统筹的积极性低”等情况。这种思想很普遍，是实现“互助共济”的最大障碍。（2），报销门槛的高低直接影响到广大农民参加农村新型合作医疗的积极性。太低即只要发生医疗费用就按比例报销，从表面上看这是受农民欢迎的，但是就不能把有限的资金集中起来去解决哪些危害大、给农民造成经济负担、甚至因病致贫的大病；太高即大多数人得不到实惠，这将会大大挫伤农民加入这项工作的积极性和主动性，直接威胁到农村新型合作医疗体系建设的成败。（3）如何加强筹资管理，防范运行风险，使农村新型合作医疗制度平稳长期发展。这也是农村居民最为担心和顾虑的事情之一。如何借鉴保险业的经验、减少行政干预、简化机构设置或全部交给银行或保险机构管理、建立长效自我调节约束机制，这将成为确保此项工作平稳运行的关键。（4）农民参统率是制约此项工作顺利开展和平稳运行的瓶颈，如何进一步加强组织宣传工作，因势利导，使这项工作真正家喻户晓、深入人心，积极引导农民参加，提高参统率。（5）如何正确处理好县乡村三级卫生保健网建设与农村新型合作医疗制度之间的关系，也是一个不可小视的问题。
建议：
一、关于体系的自我调控与监管
逐步建立自我调控约束机制，加强农村新型合作医疗体系的监管。减少或完全摆脱行正干预，以减少中间环节可能带来的影响，这样才能确保这项造福农村千家万户的事业健康发展。当前农村新型合作医疗体系的自我调控约束机制应主要集中解决五个方面的问题：即农民个人出资的年限；住院期间发生的医疗费用；加入期间的住院次数比；进出农村新型合作医疗体系；特殊事件的处理机制。
二、关于农村新型合作医疗体系中筹资管理与运行程序
农村新型合作医疗制度是一种筹资水平低、支付风险大的社会保障，努力降低医疗费用的实际发生额，维持收支平衡是其能否存续的关键。务必规范基金运行程序，确保基金安全，实现完全封闭运行，防止出现基金被不合理使用和被挪用、占用，确保农民的医疗费用的补偿足额、方便、快捷，同时也要加强相关医院的监察力度，杜绝医生“开大方”。从全国的情况来看，管理体制有多种形式。有自上而下建立独立管理机构的；有委托卫生系统管理的；有委托商业保险公司或银行代管的。究竟哪一种管理体制好，目前尚无定论，建议在管理体制上搞多样化试点。当然，权衡各方面利益，我们认为，尽管起步需要卫生行政和相关政府部门的干预和帮助，但是最终仍然要交给中间机构如银行或保险公司来管理比较好。所以，建议不论采用什么管理模式，都应考虑到这种过渡阶段存在的必然性和过渡性。确保农村新型合作医疗的顺利开展。
三、关于农村新型合作医疗体系与农村医疗卫生体系的区别
农村新型合作医疗体系与农村医疗卫生体系，是保障农村居民健康、增强农民抵御大病风险能力的两个重要的方面，是解决同一个问题的两个方面军和不可缺少的有机组成部分。前者是间接为促进农民健康服务的，本质是为农民住院治疗付钱的（补偿），实际上是中国特色农村医疗保险制度，属保险服务而不属于医疗服务的范围，而后者是直接为促进农民健康服务的，本质是为农民治病的，是收取农民医疗费用的体系，属医疗服务的范围，比如县乡村三级医疗卫生保健网。但是，两个方面军可以互相促进。一方面农村新型合作医疗体系的建立有利于农民接受医疗服务，从而提高农民的健康水平；另一方面农村医疗卫生服务可以使农民少患病尤其是少患大病，卫生行政管理部门在其中的主要职责，是管好医院，提高医疗水平。从而使农村新型合作医疗体系的保障能力增强。可是，不能把两者混为一谈，尤其需要强调的是农村新型合作医疗不等同于农村医疗卫生服务，这是两个截然不同的概念，各自有自己的不同内容。这也是我们前面为什么强调卫生部门最终不宜成为农村新型合作医疗体系的管理者，而银行与保险公司更适合成为农村新型合作医疗体系的管理者。这也是农村新型合作医疗制度与旧的合作医疗制度不同的关键地方。
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