流域性生态退化和环境污染越来越成为影响中国发展的突出问题。伴随着社会经济的快速增长和人均收入水平的提高，生态与环境问题不断累积和扩大，其中跨地区的流域性生态退化和环境污染问题日益突出，成为流域社会经济可持续发展的重大挑战。尽管各大流域特点不同，但流域性生态与环境问题在整体上呈现出全局性和复杂性的特征，其治理不仅需要利益相关方之间的相互协调，而且将是一个长期的恢复过程。如果不能从现在起采取强有力的措施，未来中国的流域性问题将会愈演愈烈，其他流域有可能步淮河之后尘。
目前中国的流域管理不能适应流域问题变化的需要。尽管中国的流域管理在过去50年取得了长足的进步，但是目前中国的流域管理仍然存在着诸多问题，流域管理不能完全适应流域性问题的变化以及社会经济发展的需求，解决流域性生态与环境问题需要有效的跨行政区的综合管理。当前中国流域管理存在的主要问题包括：现有的流域管理机构职能单一，管理手段不完善，无法承担起流域综合管理的职责；法规协调性不够，缺乏统筹考虑流域综合管理的法规；水资源与水环境管理机制存在明显的冲突，阻碍流域综合管理措施的有效实施；利益相关方参与不足，公众权益得不到保障。
采用流域综合管理不仅是世界各国实践经验的总结，而且是水资源和水环境管理的基本趋势。流域综合管理是指在流域尺度上，通过跨部门与跨地区的协调管理，开发、利用和保护水、土、生物等资源，最大限度地适应自然规律，充分利用生态系统功能，实现流域的经济、社会和环境福利的最大化，确保江河健康和流域的可持续发展。各国的实践证明，流域综合管理提供了一个能将经济发展、社会福利和环境的可持续性整合到决策过程中的制度与政策框架。欧盟各国、美国、加拿大、澳大利亚和南非等国在实施流域综合管理的过程中，已经积累了一些有益的经验。
实施流域综合管理，需要一个长期的过程，宜统筹设计，分步推进，并充分考虑各个流域的自身特点，及已有体制和机制基础。流域综合管理不是原有水资源、水环境、水土流失等要素管理的简单加合，而是基于生态系统方法和利益相关方的广泛参与，试图打破部门管理和行政管理的界限；它既非仅仅依靠工程措施，也非简单恢复河流自然状态，而是通过综合性措施重建生命之河的系统综合管理。
中国推进流域综合管理、重建生命之河的建议是：
从现在开始，把流域综合管理作为一项长期的工作来抓，将其基本理念和内容纳入到国家“十一五”规划中，同时制订流域综合管理的专项规划和行动计划，并根据流域综合管理的框架，制订大河流域总体规划。
评估或修订《环境保护法》、《水法》、《水污染防治法》、《水土保持法》、《防洪法》、《渔业法》、《自然保护区管理条例等》等有关流域管理的条款，减少法规冲突，保持其一致性和协调性，为推进流域综合管理提供法律保障。
在国家层面成立由发改委、水利部、国家环保总局等相关部门组成的流域综合管理委员会，统一协调流域性的法规、政策与规划，解决国家、部门和地方在处理重大流域性问题上的冲突。在大河流域成立跨部门与跨行政区的流域管理委员会，在中等河流和大河一级支流建立以地方为主的流域管理机构，完善流域综合管理的体制与机制。
针对长江流域，加快制定《长江水资源与水环境保护管理条例》；修订1991年出台的《长江流域综合利用规划要点报告》，并更名为《长江流域综合管理规划》；建立“长江论坛”，促进部门、地区、公众与国内外相关利用方的广泛合作与参与。建议选择赤水河流域、三峡库区和太湖流域开展流域综合管理试点工作，探讨大河一级支流和典型湖泊流域的不同形式的跨行政区的流域管理机构、立法、规划与其他流域管理手段的应用，以利于总结经验，选择适合流域特征的管理模式，在更大范围推广。
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