《排污费征收使用管理条例》（国务院令第369号）已于2003年7月1日起开始实施。新的《条例》实施后，排污费的申请使用程序发生一些变化，《排污费资金收缴使用管理办法》（财政部、国家环保总局联合令第17号）中关于申请使用程序规定：申请资金的项目单位应分别向财政部门和环保行政主管部门提出申请，再由环保行政主管部门进行形式审查，然后由财政、环境保护行政主管部门组织专家进行评审，联合下达资金使用计划。由于是同时向财政和环保部门报送申请材料，导致在实际操作中，往往是财政部门和环保部门各自提出资金使用计划，相对财政部门而言，环保部门处于较被动的地位，难以严格把关，致使一些不合理的项目列入计划，而一些重点环保项目未能列入使用计划，难以保证排污费发挥其应有的效益。这同以前形成的“排污费的支出由各级环保部门提出使用计划，报同级财政门审核，纳入本级年度计划”的程序有较大区别。
为此，建议将排污费申请使用程序适当修改：项目单位在申请使用排污费时，应向环保部门提出申请，环保部门根据环保工作重点和需要，提出资金使用计划，再将资金计划和项目单位相关材料报送财政部门进行审查，形成“环保部门提出使用计划，财政部门进行审核，联合下达计划”的使用模式，确保充分发挥排污费的效益。
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