高新技术企业的综合素质在相当大的程度上代表了一个国家的核心能力，大力发展高新技术企业已成为各国的共识，许多国家都制定了有关税收政策，鼓励科技进步，激励技术创新。我国在众多税收法律法规中，也制定了一系列扶持和培育高新技术企业的政策，如国务院批准的高新技术产业开发区内的内资高新技术企业，减按15%的税率征收所得税；新办的内资高新技术企业自投产年度起免征所得税两年等。
正是这些政策倾斜，使得高新技术企业如雨后春笋蓬勃发展。但是这些税收优惠政策在实际执行中也显现一些问题：
1、高新区内与区外企业政策不平衡。除在前述国家规定地区设立的外商投资企业外，其他高新技术企业只有设立在国务院确定的高新技术产业开发区内才能享受15%的企业所得税优惠税率。这种政策固然有利于高新技术企业和人才的区域性集聚，但区内、区外企业间税收成本的差别也影响了企业的竞争力，引发了一些高新技术企业在区内注册、区外经营现象。
2、内、外资企业政策不平衡。目前新办的内资高新技术企业自投产年度起免征企业所得税两年，而新办的外资高新技术企业（通常是生产性外商投资企业）自获利年度起享受企业所得税“两免三减半”的优惠，且期满后如仍为先进技术企业可再减半征收三年。因为高新技术企业不可能投产后都能立即获利，这样内资企业自投产年度起免征两年企业所得税的优惠大多是“水中花、镜中月”。而外商投资企业是从获利年度起享受更长时间的减免优惠，且获利年度是在按规定将年度的亏损弥补以后才开始计算的，这样，除软件企业外，其他内资高新企业的税收优惠政策力度都远远逊色于外商投资企业，加上外商投资企业在其他方面还存在一些优于内资企业的税收政策——如工资支出可在税前据实列支，而内资企业除软件企业外，其他企业要按计税工资等政策在限额内列支，因而内资高新技术企业所处的不利竞争税收环境是显而易见的。
3、高新技术企业增值税税负相对偏高。由于我国目前实行的是生产型的增值税税制，企业在销项税额中只能抵扣购买原材料、动力方面的进项税额，购买固定资产的进项税额不得抵扣。高新技术企业的特征则通常是在固定资产的投入和更新方面成本高昂，所应用的一些高新技术也会物化在固定资产中，而其能耗水平和原材料消耗水平则相对较低，再加之高新技术企业具有风险投资的色彩，前期推向市场的高新技术产品一般定价较高，这样就会导致其增值税税负率高于能耗和原材料消耗水平较高的传统制造业企业，在特定时期还会显著偏高。
4、个别税收政策不利于企业的科技进步。我国目前只允许企业按税前扣除工资总额的1.5-2.5%扣除职工教育经费（江苏省执行2.5%的标准），内资企业税前扣除的工资成本因执行计税工资政策，其能在税前扣除的职工教育经费只能按计税工资限额计算，而高新技术企业属技术密集、知识密集型企业，按职工人数计算出的计税工资限额更低，由此税前扣除的职工教育经费就相当少，导致其职工教育经费有相当比例不能在税前扣除，挫伤了其投入职工教育积极性。
5、技术开发费的税收优惠政策需进一步管好用好。技术开发费的税收优惠政策在激励高新技术企业自主创新方面起着十分重要的作用，但目前执行中出现两个问题。一是部分企业的技术开发费申报不实，在税收管理上将其50%加计扣除由审批制改为备案制后，这方面的后续行政管理工作难度加大。二是少数税务人员出于完成税收任务目的，对企业报备扣除的技术开发费提出一些不合理的要求，如，必须是开发成功的技术所对应的研发费用才能在税前加计扣除，必须专门成立研发部门的企业才能在税前加计扣除等，这些要求显然不符合国家关于技术开发费的一系列政策精神，也不符合技术开发活动这一风险投资的特点。
针对这些问题，建议：
1、高新区内外企业应享受同等政策。作为这一政策的配套措施，一方面要严格和加强高新技术企业的认定工作，对其在自有知识产权、高新产品开发和销售比重、研究开发费用等方面确定必备的具有一定水准的条件；另一方面要求减免的企业所得税应用于企业的研究开发活动和扩大再生产，而不得用于税后利润分配。
2、内外资高新技术企业政策要统一。如果该“两税合并”难于一步到位，可从下列两个方面考虑对内资高新技术企业所得税政策作局部调整：
（1）将新办的内资高新技术企业免征两年企业所得税的政策改为从获利年度起；
（2）如果内资高新技术企业人员工资不可能全部直接在税前据实扣除，可以考虑先允许计入技术开发费的研究开发人员的工资支出在税前据实扣除（目前需要按计税工资政策进行调整）。
3、改革增值税税制向消费型转型。针对高新技术企业研发投入高、附加值高、高风险的特点，改革目前的生产型增值税税制，向消费型税制转型。在我国已在东北地区进行的增值税税制向消费型转型试点的基础上，可再选择高新技术企业进行试点，这样一方面为高新技术企业的发展创造一个合理的外部环境，同时也兼顾国家财政的承受能力。
4、改革税收政策，保证高新技术企业可持续发展。一是适度提高职工教育经费的扣除比例，二是将内资高新技术企业职工教育经费的扣除比例调整为实发工资的1.5-2.5%。
5、规范技术开发费的税收管理。对技术开发费的税前扣除，可要求企业聘请中介机构出具审查报告，作为备案资料之一，中介机构需对其出具的报告承担相应的责任。采取这一措施之后，税务机关应减少技术开发费的专项检查次数，同时通过必要的抽查复核，对中介机构的执业质量进行监督。同时加大对税务人员的业务培训。
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