长三角地区是我国重要的经济增长极，其经济总量占全国的20％以上。目前，长三角地区已进入由投资驱动向创新驱动转型的发展阶段，加快地区间的科技创新合作既有条件又有必要。2003年，三地签订了《沪苏浙共同推进长三角创新体系建设协议书》，并建立了“长三角创新体系建设的联席会议”制度。这种通过建立工作机制推动三地的科技创新合作，取得了很好的成效。

目前三地科技创新合作主要存在以下三个问题：

1.在行政设置分割情况下，三地产业不互补，市场不统一，资源配置效率低，资源短缺与浪费并存，使得三地科技合作的进一步发展受到限制。

2.三地相关部门间合作机制欠缺，政府层面在科技合作方面的制度性安排不多，合作政策缺乏衔接，区域内技术转移和科技资源共享的长效机制薄弱。

3.区域内要素流动的市场环境和市场体系不完善，科技协调发展机制软弱。

建议从以下六个方面，推动当前和今后三地科技创新合作向一体化转变：

1.建立省部级长三角科技创新协调机制

长三角地区初步建立了科技合作机制，也取得了一定成效。在新时期建设创新型区域的要求下，区域合作需要从国家更高层面来协调推动。

2.推动建立“国家科技创新综合试验示范区”

这是关系到长三角能否依靠创新率先发展的一个战略性措施。要结合长三角直面国际竞争的特点，以提高产业国际竞争力为主要目标，开展自主创新试点示范。