基本药物制度是新一轮医改的关键举措，各地正在县（市、区）基层医疗机构积极推行基本药物制度。现在的实际情况是基层医疗机构（乡镇或社区卫生服务中心，村卫生服务站）主要经济来源是依靠药品差价，据某地调研，基层医疗机构药品加成率达到70%左右，部分地区达到100%以上，因此基层医疗机构基本上是靠以药养医生存。实施基本药物制度，实现零差率销售以后虽然将彻底改变这一局面，但同时也要求政府必须尽快构建全新的基层医疗机构补偿机制，这是实施基本药物制度的前提。
简单的做法是，由政府财政全部承担基层医疗机构的补偿，即在基层医疗机构实施绩效工资，由政府全额保证，政府同时还要承担基层医疗机构的建设和基本仪器设备的投入，在些基础上保证基本药物制度的实施，这将是一笔巨大的投入。如果以现行的以药养医模式为参照，要保证基层医疗机构在实施基本药物制度后能维持正常运转，以某地级市为例，一年市县两级财政要增加支出2.5亿以上（不含建设和设备投入以及人才培训等）。在相继实施义务教育学校绩效工资、事业单位绩效工资改革后，这种单一的财政投入模式将使地方财政不堪重负，从而将影响医改的顺利推进。
为此建议：构建多元补偿机制，减轻地方财政压力，调动基层医疗机构人员推进基本药物制度实施的积极性。
多元补偿机制：简单地说就是建立三方面的补偿渠道：
一是地方财政保证基层医疗机构人员的基本工资和必要的投入。
二是医保基金解决一部分。医保基金作为财政预算的一部分，应该在新医改中有所作为，以弥补现有投入的不足。现阶段，医保基金的支出增速尽管在不断加大，但各地还是有着很大的结余，相关部门不能一味地“捂紧钱袋子”，而应是通过调整基金的支出方向和结构，一方面达到合理节约使用的目的，另一方面让医保基金充分惠及于民，为新医改宏伟目标的实现作出应有的贡献。事实上，如果有效实施基本药物制度，应该会有效降低大处方等过度诊治造成的浪费，也会节约医保基金。过去，医保基金在药品流通的末端消费，其中包含了药品加成部分，而且加价超过50%，实际上是在“出口补”。实施药品零差率之后，医保基金可以在“进口”补，按药品零差率销售价的30%-40%对基层医疗机构进行补偿，不仅在一定程度上缓解看病贵的难题，也可在一定程度弥补财力不足的困难。同时医保基金补偿的部分作为基层医疗机构的收益，应该体现在医务人员的绩效工资部分，从而鼓励基层医疗机构医务人员改善服务，真正为病人着想，规范使用目录内药品。
三是省级财政应根据考虑地方实际，给予必要的补助，对有效推进医改的地区实行奖励。
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