中央部门属社会公益类科研机构是实施科教兴国战略，支撑科学发展，建设创新型国家的主力军。自1996年中央部门属公益类科研机构改革试点至今，在加大科技投入和创新能力建设方面取得明显成效。经过多年的实践，有必要继续深化改革，切实解决体制机制、配套政策等深层次矛盾以及改革遗留问题。目前，公益类科研机构改革还有待在如下几个方面进一步深化：
　　
    1、非营利机构编制总量与结构亟待调整。自2001年至今，科技部、财政部、中编办先后对中央26个部门所属265所社会公益类科研机构作出改革方案批复：核定非营利性机构101个，占机构总数的36%；非营利性编制近1.5万人，占原有编制总数的20％，拟转为企业61个，占机构总数的25%。其余机构分别并入大学，属地化管理、转为部门事业单位或中介机构。基本实现了当初顶层设计的目标——重点支持100个机构、1.5万人。随着世界科技发展突飞猛进，普遍反映非营利性机构与编制总量严重不足，难以满足支撑发展的需求。
　　
    2、拟转制为企业的公益类科研机构创新能力严重削弱。被核定为拟转制的机构长期从事公益性研发任务和基础性服务工作，承担带动本行业科技进步的重任，其中不乏基础性研究领域。以农林水三部门为例，被核定转制的31个机构，不仅在本行业科技创新中居于龙头地位，而且承担大量应用基础研究和公益型研发任务。特别是在生物质新能源、新材料等前沿领域具有雄厚的科学积累和服务实力。这些科研机构的发展状况事关国计民生，既不可或缺，也不具备面向市场的能力。
　　
    3、部分科研机构划为部门事业单位发展受到严重制约。公益类科研机构改革将部分科学事业单位转为部门事业单位，出现了“一院三制”的局面，即在同一科学（研究）院内出现科学事业单位、部门事业单位、科技型企业三种管理体制。这些机构既无加大支持的增量经费，也无相应的政策扶持，陷入进退维谷的被动局面。
　　
    4、各项配套政策支持严重滞后。突出表现在分配制度不合理、地方补贴不到位、社会保障不配套。改革中形成的基础工资、岗位津贴和绩效工资“三元结构”分配制度，因有关部委“八不准”规定和调整科技专项计划相关规定，造成“绩效工资”无法兑现，科研人员工资收入与公务员、高校等差距进一步拉大。
　　
    此外，近年来各地出台的各项提高在职人员及离退人员的地方性补贴，中央直属事业单位人员均无法享受。科研单位养老、医疗等“五险一金”的社会保障体系尚不完善，大大加重了科研单位的负担。
　　
    为此，我们建议，尽快从人员、编制、保障、立法等多个层次深化中央公益类科研机构改革，探索建立现代科研院所制度：
　　
    1、适当调整和增加非营利科研机构和人员编制。根据“整合资源、调整总量、科学布局、适当重组”的原则，经论证评估，重组和建立一批非营利科研机构，适当增加非营利编制和科研辅助岗位；同时，允许科研院所在不增加现有法人数量和编制的前提下，自行调整或设置内部研究机构。
　　
    2、继续加大科学事业费投入。一是将事业费从目前每年人均5万元逐步提高到人均8-10万元的水平。二是结合国家引进海外高层次人才的“千人计划”，为涉农类公益研究院所专门设立人才引进专项经费，培养和造就一批具有国际水平的科技帅才和领军人物。三是加大科研基础设施与条件建设的投入，重点支持国家实验室、国家重点实验室、野外观测台站等基础设施建设。四是按人员编制足额拔付经费，在此前提下实现固定人员+流动人员的人事制度，允许科研院所利用缺编人员经费自主聘用科研人员和科研辅助人员。
　　   
    3、加快建立公益类科研机构社会保障体系。尽快建立公益类科研机构社会保障体系，完善相应的配套政策（包括失业、养老、工伤、生育、医疗保险以及住房公积金等），从源头上解除科研机构和科研人员的后顾之忧，使学术带头人和将帅之才“出得来，留得住，引得进，流得动”。
　　
    4、积极推进科学事业单位规范管理的立法进程。要解决阻碍科技创新步伐、制约科技创新活力的瓶颈，单纯依靠行政手段已难以奏效，有必要通过立法程序，将科学事业单位管理纳入规范化、法制化管理的轨道，从根本上理顺体制，创新机制，有效调动公益类科研机构和广大科研人员的创造力，加快建设创新型国家的进程。建议将“科学事业单位管理条例”纳入国务院立法计划。