三峡库区生态屏障直接影响着三峡工程的长期安全运行、功能发挥和长江流域的生态安全，直接关系着国家战略性淡水资源库的建设。加强三峡库区生态屏障建设与保护具有重要的战略意义。
目前面临的主要问题有：
1、立地条件差，人地矛盾突出，生态建设难度大。三峡库区生态屏障区不仅山高坡陡、土质贫瘠，而且人地矛盾尤为突出。如重庆市万州区生态屏障区内村民人均耕地0.53亩，忠县0.47亩，云阳县部分村民不足0.3亩；屏障区村民的耕地不仅面积小而且坡度大、质量差，其坡度大于25度的占41%以上。突出的人地矛盾迫使村民努力加大复种指数，不断增加化肥、农药的施用量，其结果一是加大了水土流失，破坏了森林生态平衡；二是加重了三峡水库的污染程度，农药、化肥、畜禽粪便和村民生活垃圾、生活污水经地表径流进入三峡水库，从而对水质造成污染。因此，从长远看，对库区生态屏障区内的村民必须实施生态搬迁。
2、森林资源总量不足，树种单一，管护体系不健全。森林资源总量不足。据调查，2009年三峡水库重庆库区生态屏障核心区内森林面积为162.89万亩，森林覆盖率为22.2%，比重庆市平均水平低12.8个百分点；人均林地面积0.49亩，比全国平均水平低1.02亩。森林林分质量较低，林种、树种结构比较单一，马尾松占的比重过大。管护体系不健全。目前天然林保护区虽已落实管护人员和责任，但由于林、农地交错现象突出，林地零星分散，实际人均管护任务过重，难以实现有效管护。同时，因管护设施落后，林火监测预警体系、阻隔系统和扑救体系及病虫害防治体系，要么无法建立，要么不完善，导致整体森林管护能力薄弱。
3、缺乏稳定的投入保障机制。近年来，国家和鄂、渝等相关省市政府的投资有较大增加，但与生态屏障建设的实际需要仍存在很大差距。特别是在投入机制上，缺乏稳定的资金来源保障。目前，库区生态屏障建设主要依靠国家投入和相关省市政府的多方筹资，库区各地方政府因财力太弱而无力配套，社会资金、信贷资金投入量小。总体看，生态屏障建设的资金投入不仅数量小而且极不稳定。由于投入不足，导致生态建设工程投资标准偏低、技术水平低下，影响了建设成效。
4、缺乏流域统一的协调、监管机制。三峡库区水质的好坏与上游来水水质的好坏直接相关。目前，相关省市都在实施长江森林工程建设、库区水污染防治等工作，但流域内各地人民政府和相关职能部门没有建立统一的协调、监管机制，导致责任不清，责权不统一，使库区水环境质量难以得到根本保证。
为此，建议：
1、积极稳妥地实施生态屏障区人口生态搬迁。为了从根本上减少库岸水土流失、降低面源污染、建设秀美三峡，必须积极稳妥地将生态屏障区内的人口转移出去。一是搬迁转移对象：在库区生态屏障区内，拥有合法农村住房及宅基地、承包地、户籍在册的农村居民户。二是生态屏障区内的人口转移要与户籍制度改革和推进城镇化建设相结合，在拆房、退地、户籍农转非的基础上，由政府组织向城集镇有序转移。三是在统一补偿标准的基础上，对转移人口实行一次性货币补偿；并采取分步实施、动态调整库区各区县转移任务的方式来进行。四是进入城集镇的转移人口必须参加养老、医疗等社会保险，政府可考虑给予一定数额的资金补助；同时，政府要加强技能培训和就业帮扶，增强其自身创业、就业能力，并鼓励企业接纳转移人口就业。
2、加强森林培育，提高绿化质量。一是建议国家建立长江上游大森林带，组织长江上游的川、贵、云、陕、甘、青、渝等七省市联合行动，共同建造长江上游森林屏障，防止因上游水土流失而加重库区污染。二是在生态屏障区，着力发展公益林和商品林。按照生物多样性和生态系统稳定性的要求，在对生态屏障区现有林种、树种进行深入调研的基础上，制定出科学、适宜的栽植规划及实施计划。既增加农民收入的同时，又保证生态建设工程的实施效果。
3、完善管护体系，提高管护水平。一是利用现代科技建立林业资源数字化管理平台，提高森林管护的现代化水平。利用数字视频、GPS定位和遥感等技术，以视频监控系统为基础，建立数字地图管理与控制、森林资源数据一体化检索、动态监测等系统，实现对森林火灾、森林病虫害及造林情况等信息24小时全方位动态视频监控。二是加强森林病虫害防治和森林抚育、低效林改造。增种阔叶树，调整结构，培育健康森林。三是适度提高国家重点公益林管护补助标准。每亩补助3元的现行标准偏低，不利于调动护林人员的积极性。四是从优化林业队伍结构、培养和引进专业管理人才等方面入手，加强林业管护队伍建设。
4、建立库区生态屏障建设与保护专项基金。按照“谁利用谁补偿，谁受益或谁损害谁付费”的原则，建立库区生态屏障建设与保护专项基金，为库区生态屏障建设与保护提供稳定的资金来源。该基金主要用于生态屏障区人口搬迁转移、屏障区的森林建设与管护等方面。基金来源应包括：“三峡水电建设基金”中提取一定比例的资金；中央财政补助资金；三峡总公司发电收入中按每度电提取一定比例的资金；中央财政从长江中下游及南水北调等受益地区上缴税收中按一定比例提取资金。该基金由中央财政每年统一提取、统一划拨，专款专用。
5、建立长江流域综合协调机构和工作机制。国务院设立长江流域综合协调机构作为决策机构，机构负责人由国务院领导兼任，国家发改委、国家林业局、环保部、国务院三峡办等部门参与，负责制定库区生态屏障建设相关政策、规划及年度实施计划，协调相关省市森林屏障建设、水土流失治理等重大问题；川、贵、渝、鄂等相关省市政府为流域建设、管理执行机构，负责完成国家分解的责任任务；决策机构下设监督机构，负责对相关省市政府目标任务完成情况进行考核，并向决策机构提出考核和奖惩意见。
