党中央关于国民经济和社会发展“十二五”规划建议中提出，要根据资源环境承载能力和发展潜力实施主体功能区战略。各省国民经济和社会发展十二五规划纲要也明确提出了实施主体功能区规划。主体功能区划将会产生区域间的利益失衡，因此，需要建立一整套保障区域协调发展的制度安排，其中生态补偿机制应是一项重要的内容。为此，提出以下思考和建议：
一、实施主体功能区规划需要建立生态补偿机制
建立区域生态补偿机制，重点解决的是限制、禁止开发区域因提供生态服务而损失的经济利益或发展权利问题，实现主体功能区之间的协调发展。
1．充分认识主体功能区的内涵
主体功能区是指为了规范空间开发秩序，形成合理的空间开发结构，推进区域协调发展，根据现有经济技术条件下各空间单元的开发潜力，按照国土空间整体功能最大化和各空间单元协调开发的原则，对国土空间按发展定位和发展方向进行空间划分而形成的，借以实行分类管理的区域政策的特定空间单元。
首先，主体功能区体现的是政府意志。无论是哪类开发地区，都是政府从国土空间整体协调发展的角度，对区域主体功能的安排。因此，在区划过程中，为追求整体利益，就会漠视限制开发和禁止开发区域的发展利益。但在区域政策不明朗前提下，任何一个区域从自身利益出发，都会倾向于重点开发，而不愿意被划为禁止开发或限制开发区域，因此会产生局部区域利益与整体利益的冲突，主体功能区制度的意图就是通过区域政策予以弥补。
其次，主体功能区的核心思想仍是区域分工。传统的区域分工只看重经济分工，主体功能区划虽然遵循的仍是区域分工的思路，但其“分工”的视野更加开阔，不只局限于经济分工，还包括“生态”和“生产”的分工，以及“生态”功能内部的区域分工。
第三，主体功能区中的生态功能区。按照区域间“生态”和“生产”功能上的分工思路，限制开发区域是关系全国较大范围生态安全的区域，要逐步成为全国的重要生态功能区；而禁止开发区域是指依法设立的各类自然保护区，其原本就是重要的生态功能区，今后更要实行强制性保护，控制人为因素对自然生态的干扰，强化其生态服务功能。
2．主体功能区之间的利益失衡问题
主体功能规划在区域发展的突出贡献，是打破了传统的区域经济发展思维与发展模式，对一些地区经济开发和增长提出了限制，并赋予这些区域以生态功能上的分工。这种规划虽然有利于形成理想的区域发展格局，但同时也带来了区域关系上的新问题。
（1）区域外部性的问题。在主体功能区规划所追求的理想分工格局中，区域外部性必然是区域之间的一种普遍现象，这些区域外部性中有很多是与限制和禁止开发区域提供的生态服务功能相关，即其它区域享受这种生态服务，但并不为此承担责任，就会导致不同类型的主体功能区之间在生态、环境和经济利益上的失衡。
（2）区域发展权利被限制问题。主体功能区划将一些区域的“开发功能”被冠以“限制”或“禁止”的定位，导致其发展权利被“剥夺”。禁止开发区域都是依法设立的各类自然保护区，人口非常稀少，故问题不大。而限制开发区不但面积广阔，并承载有较大规模的人口，并且这些地区也是经济发展相对落后的地区，对区域经济开发有更为强烈的“冲动”。区域开发的“冲动”和“束缚”之间就会产生矛盾。限制开发区域并不是限制发展，但与重点开发区域相比，确实失去了一定的发展权利，并造成区域利益上的损失。这类利益损失不仅表现为发展机会的丧失，而且表现为实现主体生态修复和环境保护功能而承担的成本。因此，利益失衡必须需要一种补偿制度，否则主体功能区的规划目标只会成为“泡影”。
3．建立主体功能区的生态补偿机制
在主体功能区中，区域外部性和区域发展权利被限制等问题都与限制或禁止开发区域提供的生态服务功能密切相关。如何保证限制或禁止开发区域提供生态服务的主体功能，破解“生态不经济、经济不生态”的生态经济鸿沟和区域发展鸿沟，就成为主体功能区生态补偿制度的关键。它重点解决的就是限制、禁止开发区域因提供生态服务而损失的经济利益或发展权利问题，从而实现主体功能区之间的协调发展。
二、构建主体功能区生态补偿机制的核心要素
从主体功能区的特点和基本属性出发，以区域生态补偿的基础理论为依据，从区域补偿责任机制、补偿标准和补偿途径等多个核心要素构建区域生态补偿机制。
1．确定区域生态补偿的责任机制
确定主体功能区生态补偿的责任机制，就是明确“谁补偿给谁”。依据区域生态补偿理论，按照谁保护、谁建设和谁受损接受补偿，谁使用和谁受益支付补偿的原则，确定其补偿责任机制。据此思路，接受补偿的当然是限制和禁止开发区域，这是毋庸置疑的。但究竟由谁来提供补偿，是同级重点开发区域，还是中央政策和省级政府，涉及多重利益主体的复杂关系。一是规划制定者的补偿责任。目前，主体功能区规划是从国家和省级两个层面上制定的，如，在山西境内，区划的国家级限制、禁止开发区，其受益主体主要是中央政府，应主要由其承担补偿责任，山西省一级区划的限制和禁止开发区，受益者主要是省级政府，则应当由省级政府承担生态补偿责任；二是受益者还包括同级政府。限制和禁止开发区提供的生态服务功能，受益者不仅有上级政府（中央政府和省级政府），还包括重点开发区的同级政府，即考虑到生态环境建设的溢出效应，受益的同级地区也应承担一部分补偿资金。也就是说，对于“公共物品”特性较强的生态服务功能，应该由上级政府承担责任；而那些作用范围非常明确的生态服务功能，就应当由受益方向受损方提出补偿。如流域内的重点开发区向限制和禁止开发区提出补偿。
2．明确区域补偿的领域和方式
对于限制和禁止开发区的生态补偿，应当补偿哪些方面，采取何种补偿方式，是区域生态补偿的又一重点内容。一是补偿公共服务。实现区域间“基本公共服务均等化”是主体功能区规划的重要目标。限制和禁止开发区域因提供生态服务功能，导致政府财政收入减少，提供公共服务能力减弱，因此应得到相应的补偿。补偿的方式可采取纵向（上级政府）和横向（同级政府）的财政转移支付，也可采取上级政府的专项转移支付和同级重点开发区域投资基础设施建设；二是补偿经济社会发展。限制开发并不是限制其发展，并且限制开发区域又是经济落后区域，其经济社会发展又具有迫切意义，因此应当对其损失的“发展权利”给予补偿。在补偿方式上，可以通过上级政府制定制度来实现。如“产品生态标记”、“水权”、“污染权”和“碳汇”的区域交易制度。可通过同级重点开发区政府的生态经济援助形式帮助其发展，从而实现生态补偿。
3．区域生态补偿标准的确定
生态补偿标准的确定是生态补偿机制的难点，而主体功能区的生态补偿又是一个多层次的体系，使这一问题更加复杂。在完全竞争的市场条件下，若区域生态服务功能有价并可进行自由市场交换，这时，只要考察和计算提供区域生态服务功能的边际成本与边际收益状况，根据边际收益等于边际成本那一点，就能确定区域生态补偿的标准。一般来讲，区域生态服务的边际成本计算相对容易，而区域生态服务的边际收益是最不容易计算的，不仅涉及的内容复杂，而且没有公认的核算方法，因而其边际收益和边际成本曲线很难确定，故而要想得出一个准确的均衡点只存在理论上的可能性。因此，为了使区域生态补偿标准在实践具有可操作性，可采取以下办法来确定：一是实现基本公共服务的均等化。无论是纵向的或是横向的财政转移支付，以实现区域政府间人均财政支出的均等化为标准。上级政府可以计算出一个平均合理的标准，这个标准既包括全国性的标准，也包括省级的区域性标准，限制和禁止开发区的差额部分由补偿主体补齐。二是居民人均可支配收入水平大致相当。对于限制和禁止开发区经济社会发展方面的补偿，主要是补偿其发展权利的损失，而居民收入水平则是最适宜的衡量标准。无论是上级政府的区域政策扶持，还是同级政府的生态经济援助，其标准都是难以直接量化的。因此，通过生态补偿，使限制和禁止开发区居民同其它区域享有大致相当的可支配收入水平，可以成为补偿的标准。三是生态服务的市场价格。对于区域外部性作用效益界定明确的，如区域之间的“水权”、“排污权”、“碳汇”交易等，即便是不完全的“市场交易”，其交易过程也就是生态补偿的过程，而成交的价格就是补偿标准。
三、制定配套的政策和制度体系
构建主体功能区生态补偿机制是一项系统工程，只有配套的制度和政策措施到位，才能实现整体效益最大化，达到事半功倍的效果。
1．加强政府的补偿能力建设。一是增大政府在生态补偿方面的资金投入。应不断加大各级政府在环境保护上的支出，并且在支出中要关注生态补偿的内容；发行地方债券，给予限制和禁止开发区政府更多的额度，用于基本公共服务建设；设立生态补偿基金，可以考虑设立省级生态补偿专项基金，用于对限制开发区域的生态经济援助或对生态移民的补偿；二是提高政府资金的使用效率。政策要体现系统性原则，要系统考虑不同政策所要解决的区域问题。要求在政策制定过程中实现部门的协商，在政策的实施过程中实现体制的协调。对于生态补偿的投入，也要体现出集约利用的原则。建议将各部门的补偿资金集中，纳入到一个补偿职能明确的管理机构之下统一使用，避免多头补偿和重复补偿。提高政府财力性转移支付在区域生态补偿中的地位，补偿限制和禁止开发区域的政府运转和公共物品。
2．继续完善财政转移支付制度。在目前的区域制度下，基于财政转移支付的生态补偿是最直接和最有效的手段。一是扩大中央政府对省的转移支付力度，使区域生态补偿获得更多的中央政府资金支持。二是使转移支付更多地体现区域生态补偿的目标。对财力性转移支付，应适当提高限制、禁止开发区域的转移支付权重，补齐限制开发区域财政供养人员的工资，或保障限制和禁止开发区域县级政府公共服务能力。三是建立政府间横向转移支付制度。对于一些限制开发区和重点开发区，如果受益关系明确，如流域上下游之间，可以借鉴德国以“州际财政平衡基金”模式实现横向转移的方法，在同级政府间建立区域生态转移支付基金，通过政府之间的相互协作实现生态补偿。区际生态转移支付基金可由生态获益区的政府财政资金拨付形式，拨付比例应在综合考虑当地人口规模、财力状况，GDP规模、生态效益外溢程度等因素的基础上来确定。获益区域应按拨付比例将财政资金上缴存入生态补偿基金，并保证按此比例及时进行补充。
3．搭建区域间生态补偿的平台。虽然我们提出要建立政府间的横向转移支付制度，但在主体功能区的制度下，区域之间直接的生态补偿仍然面临诸多限制性因素。我们认为以实践探索较为丰富的流域生态补偿为重点，着重于区域交易、区域援助等制度建设，使利益相关区域能有一个共同参与并实现生态补偿的平台。一是流域生态补偿。上游的限制或禁止开发区域与下游的重点开发区域，受益关系很明确，因此也是区域间生态补偿的实践探索最为丰富的领域。二是区域交易制度。在主体功能区的制度框架下，建议实施本省内区域之间的“碳权”交易制度。在“碳权”的初始分配应重点考虑区域所属的主体功能区类型，在原有分配因素基础上，给予限制和禁止开发区较高的权重。三是区域间的援助制度。对于省级层面所划定的四类主体功能区，可形成一种明确对应的援助关系，让经济发达的重点开发区域对口扶持经济落后的限制和禁止开发区域。
4．制定区域生态补偿的相关法规
要将区域补偿政策和补偿手段制度化、法制化。当前最急迫的几个问题：一是加快对主体功能区的立法，明确其在国家规划体系、区域管理体系中地地位。加快财政转移支付制度的完善，对限制、禁止开发区域的生态补偿纳入财力性转移支付；将生态补偿列为政府财政支出的一项科目，将资金使用纳入预算管理，并接受各级人大的监督。二是完善流域生态补偿方面的法律、法规建设，改变当前水资源管理中的“条（流域管理机制）块（地方水资源管理机构）冲突”的现象。三是对于区域交易、区域援助等补偿安排，可先以局部试点的形式积累经验，而后通过“行政规范—管理条例—法规”的流程逐步形成制度化、法制化的补偿机制。
