当前，我国的各级环境监测系统按照国家和地方政府要求，定期开展大气、地表水、饮用水源地、近岸海域、噪声、土壤、生态和污染源等领域的监测工作，每年产生上亿个监测数据，为各级政府部门制定环保规划计划、实施环境管理与决策、考核环境质量提供了重要依据。此外, 在妥善处置突发环境污染事故、实施节能减排工程、开展流域区域生态补偿工作、履行国际公约和推动绿色发展、解决温室气体排放和持久性有机物污染全球性环境问题等方面，环境监测数据都起着非常重要的数据支撑作用。近些年来，环境质量状况已经成为普通老百姓每天必须了解的重要信息，而且种需求正呈现不断增长的趋势，表明人民群众对环境质量的关注和期待有增无减，而要满足人民群众的环境质量知情权，也需要科学有效的环境监测工作予以保障。
我国环境监测体制与机制现状是：
在行政体制上，我国现有国家、省、市、县四级环境监测机构，共2535个监测站，53000多名监测人员，分别由同级环境保护部门管理。在运行机制上，国家环境监测任务由环境保护部制定监测计划，并补助工作经费，由地方监测站承担，监测数据上报国家环境监测总站，同时地方可以共享监测数据；地方环境监测任务由地方环保部部门制定监测计划，有的补助经费有的地方没有经费，监测数据主要由地方使用；部分监测站承担横向监测任务，以弥补开展例行监测工作经费不足的问题。在技术体制上，上一级监测站对下一级监测站进行技术指导，中国环境监测总站组建国家环境监测网对全国环境监测系统进行技术指导。在能力建设上，经过国家持续投资建设，现已初步建成了覆盖全国的国家环境监测网，包括覆盖全国主要水体的759个地表水监测段面、150个水质自动监测站点组成的地表水环境质量监测网；由113个环保重点城市共661个空气自动监测站点、14个国家空气背景站、31个农村区域站、31个温室气体监测站、3个温室气体区域监测站、440个酸雨监测点位和82个沙尘暴监测站组成的环境空气质量监测网；由301个监测点位组成的近岸海域环境监测网；由15000多家国控重点污染源监测点位组成的污染源监测网；以及土壤、生态、噪声等要素的监测网络。地方环境监测能力以地方政府投资为主，国家补助建设，近年来开展了监测站标准化建设工作，并进行达标验收。
现行的环境监测体制与机制存在以下几方面问题：
1、现行体制不利于形成全国环境监测“一盘棋”、“一条龙”的局面。一是“政事”定位不清 。当前，环境监测“政”、“事”之间缺乏明确细致的定位，双方的职能和权责界定不清，增加了具体工作的难度，造成内耗。二是层级关系不清。不同层级监测站的职责和分工缺乏必要的法律依据，在实践中存在职责不明、管理不顺等诸多弊端。各地区按照本地情况各自为战，上下级监测站业务关系各式各样，在一些模糊地带存在推诿扯皮现象，不利于国家监测任务的统一管理。
2、环境监测面临过多的行政干扰，监测数据无法保证客观真实。由于环境质量已经成为政府施政和官员工作绩效的考核指标，一些地方政府和官员为保证辖区环境质量在考核评比中取得好成绩，不断对当地监测部门施压，对监测工作进行行政干扰，造成有些参与考核的监测数据无法保证客观真实。有的地方甚至出现准备几套监测数据的情况，导致国家相关部门不能准确掌握地方环境质量状况。
3、现行体制机制不利于形成有效的经费运行保障机制。一是常规经费不足。当前，我国环境监测缺乏长期稳定的资金投入渠道，一方面，国家下拨的运行经费标准偏低，许多自动监测站年均运行补助经费不足万元，难以支撑其正常运转；另一方面，相当一部分县级监测站经费没有完全纳入地方财政预算，业务经费得不到保障，严重制约了监测工作的顺利开展。二是人员经费不足。环境监测站虽然都属于事业单位，但是管理模式不尽相同，存在参公管理、全额拨款、差额拨款等不同方式，监测站人员身份五花八门。人员经费受管理体制和地方财力的影响，存在很大差异，部分市、县每年人员经费甚至不足人均万元。三是配套经费不足。近年来，环境监测的范围、领域和项目不断拓展，土壤调查、农村监测、生态考核等许多新的任务逐渐增加。然而，许多工作的任务下达与资金到位存在着时间差，特别是中西部欠发达地区，地方财政相对紧张，配套经费落实困难，许多工作都是“先干活、后拿钱”，资金缺口由监测站自行从横向创收中筹措经费暂时填补。经费问题使监测站面临着不得不“以副养主”的困境。
现行体制机制已经阻碍了环保事业的健康发展，为此提出以下建议：
1、 建立国家、省、市三级垂直的环境监测体系。
彻底改革现行分级管理的国家环境监测体制，实行与国家气象局类似的国家垂直管理与地方管理相结合的模式。地级以上环境监测站由国家垂直管理，同时接受地方政府制定的任务。经估算，大约将有370多个监测站，40000余人进入垂直管理序列。县级站由地方管理，国家和地方共同建设。
2、改革管理机制
国家环境监测管理由环境保护部统一负责，将现有的环境监测司改为环境监测局，扩大行政管理职能，负责全国环境监测规划、计划、政策法规、标准、能力建设和运行等。地方省级站领导干部的选派由环境保护部提出，并征求省级人民政府和环保部门的意见。地市级监测站领导的选派由省级环保部门提出，并征求地市级人民政府意见。加强现有中国环境监测总站的能力，增加人员编制，将其建成全国环境监测的数据、技术、网络、质控和培训中心。
3、改革运行机制
国家环境监测任务由国家足额拨付经费，国家环境监测网由国家足额拨付经费运行，地方监测任务由地方给予足额经费保障，国家可适度对西部地区给予经费补助。国家、省、市三级监测站人员经费全部由国家承担，实行公益一类事业单位管理。
