2008年国务院完成了机构改革，调整了15个机构，组建了5个大部门，减少了4个正部级机构，为“大部门制”行政体制改革进行了积极探索，取得了重要进展，积累了很多经验。地方大部门制改革亮点闪烁，如广东顺德，浙江富阳等，但由于缺乏统一的制度设计与时间表，各地差异较大，地方改革呈碎片化现象。　　　　　

　　总体而言，大部制改革仍处于探索阶段，一些深层次的问题，如机构设置不合理，职能交叉，协调机制不畅;决策权没有与执行权、监督权相分离，一些部门“既当运动员又当裁判员”; 政府与市场的职能边界不够清晰，对微观经济运行管理过多过细，市场配置资源的基础性作用难以充分发挥；社会组织和中介服务机构发育不全，政府承担了过多的经济社会职能，责任过大，风险过于集中；各级政府“上下职责同构”等，并未从根本上得到解决。

　　与此同时，又出现了一些新的问题，如一些新组建“大部门”还没有完全实现从“物理组合”到“化学反应”，有的长期磨而不合，一些已明确的职责分工没有落实到位；中央与地方改革的衔接不畅，一些地方政府“有热情但不知怎么改”，而“先改要吃亏”的观望和应付心理比较普遍，一些地方原已合并的部门又拆分了。

　　2008年，党的十七届二中全会提出了到2020年建立起比较完善的中国特色社会主义行政管理体制的总体目标。党的十八大对深化行政体制改革、建设服务型政府作出了战略部署。从现在到2020年还不到8年时间，深化行政体制改革时间紧、任务重。为此建议：

　　1、国务院成立超越部门利益的行政体制改革领导机构，加强组织领导和顶层设计。这个机构应具有权威性和独立性，由国务院主要领导挂帅，作为直属国务院、相对独立的第三方，没有自身利益的羁绊，站在全局高度专司体制改革，总体规划，统筹推进，从根本上解决部门机构改革动力不足和部门利益阻碍改革的问题。按照建立中国特色社会主义行政体制的目标要求，以深化大部门制改革为重点，推进机构改革，转变政府职能，优化组织结构，理顺职责关系，2013年启动新一轮行政体制改革，制定一揽子推进机构改革和职能转变的具体实施方案，从中央政府到地方，逐级实施。

　　2、以职能转变为核心，深入推进大部门制改革，健全部门责任体系。按照“政企、政资、政事和政社四分开”的要求，简政放权，还权于市场，充分发挥市场在资源配置中的基础性作用；还权于社会，发挥社会力量在管理社会事务中作用。按照“决策权、执行权和监督权相互分离相互制约又协调一致”的要求，科学设立决策部门、执行部门和监督部门。按照“政府四大职能”的要求，减少对微观经济社会活动的干预，强化市场监管、社会管理和公共服务职能。

　　一是在海洋监管领域，组建集中统一的海洋综合监督管理部门，整合相关部门的海洋管理职责，围绕海洋权益保护、海洋资源开发、海洋航运、海洋渔业、海洋环境保护等，强化海上综合执法监管，并对国家海洋经济发展和沿海省份的工作进行规划与指导。

　　二是在口岸监管领域，实行口岸关、检机构合并，进一步整合作业流程，简化通关手续，进一步提高贸易便利化水平，真正实现进出口货物“一次申报、一次交单、一次查验、一次征税收费、一次放行”。将在一个省域内的多个海关和检验检疫机构进行整合，形成一个大关区（大检区）。

　　三是在市场监管领域，整合生产和流通领域质量监管的职能，将工商、质检、食品药品监管等机构合并为一个机构，彻底解决职责交叉、职能分治和责任不清、监管缺位等问题，形成全域覆盖、全过程监管的格局。

　　四是在交通运输领域，归并公路、铁路、航空等机构，促进交通运输资源互联共享、集约高效、便捷利用。

　　五是在农业领域，整合农业、林业、粮食等机构，组建大农业管理机构，统筹推进“三农”发展。

　　六是在文化管理领域，整合文化、广播电影电视、新闻出版等机构，推进文化事业大发展大繁荣。