2014年7月，巢湖流域生态文明先行示范区获批国家第一批生态文明先行示范区，国家明确要求巢湖流域开展“完善巢湖流域综合治理体制机制体系”制度创新。一年多来，巢湖流域紧紧抓住示范区创建重大机遇，积极探索巢湖流域治理体制机制创新，研究巢湖污染成因，明确巢湖治理主要思路，实施一批重大项目，取得阶段性成果。

　　全国政协委员李卫华表示，虽然巢湖流域综合治理取得积极进展，但湖泊(流域)治理是一项长期、复杂、艰巨的浩大工程，绝非一朝一夕、一蹴而就的事，“十三五”时期，巢湖流域综合治理仍然面临巨大的困难和挑战。

　　他建议，国家相关部委进一步统筹组织国内外湖泊流域科研院所和专家，开展流域治理的综合研究和探索，特别是加强对巢湖流域治理的研究。巢湖流域也要积极参与流域综合治理实践，共同探索巢湖流域综合治理的新方法、新机制、新理论、新技术，形成可复制、可推广的流域治理经验。同时，加大支持安徽合肥国家级新区、合肥综合保税区等重大发展平台建设力度，加快推进巢湖流域产业升级，通过转型发展进一步减少当地生态环境压力。