６月２７日，国、亲、新三党提出罢免陈水扁案，虽然在立法院全体委员会上没有获得通过，岛上倒扁的活动，不但没有受到影响，反而更加激烈。台联党的‘精神领袖’李登辉接着也推动要求陈水扁下台活动，大多数民众都强烈要求阿扁下台，知识界也动起来。
亲绿学者发动倒扁
７月１３日，长期支持民进党的学运世代、社运界领袖及美丽岛受难者也发动联署，要求陈水扁自行辞职下台。他们在６月底已开始发动联署《民主政治与台湾认同的道德危机——对陈水扁、民进党与公民社会的呼吁》宣言，表达学界、社运界超越蓝绿意识形态之争，要求陈水扁自动辞职下台。联署者当时认为在蓝绿对决情势急速升高之时，发表此项宣言，易被外界解读‘跟泛蓝站在同一边’，所以把宣言发表延后，又因李登辉又出手批扁，联署者再度延后宣布，并对宣言的内容进行重要修改，把原来针对朝野双方，改为只针对陈水扁和民进党，并将参加联署的人士限定在亲绿人士范围内，而以纪万生、张富忠、吴乃德、范云、吴介民、黄长玲等亲绿的学界与社运界要角为主。纪万生是美丽岛事件受刑最久的人，吴乃德是新潮系吴乃仁的弟弟，与前民进党主席林义雄关系十分密切的‘中研院’研究员，范云曾是台大学生会主席，曾任三月学运总指挥，长期从事各项社运活动，并为林义雄参选民进党主席时的助选，吴介民、黄长玲等人也都是学界、妇运界重量级人物。１５日，他们在台大校友会馆召开以‘民主丰富台湾认同’为名的记者会，公开宣布发动倒扁连署活动。由范云宣读了民主政治和台湾认同的道德危机——我们对‘总统’、执政党和台湾公民的呼吁’的声明全文，吴乃德在会上表示，发起本次连署呼吁陈水扁‘总统’下台，其主要的目标，绝非‘倒扁’，而是期待台湾民主品质能够提升，只有台湾民主品质的提升，丰富文化的内涵，台湾认同的价值才能丰富成长，这是他们之所以期待陈水扁慎重考虑辞职的原因。吴乃德说：台湾社会应该把握这个机会，陈水扁和民进党都应该把握这个机会。如果陈水扁愿意负起政治道德责任请辞，这将是难得的范例，陈水扁将可以对台湾民主有所贡献，后代将会以陈水扁为台湾民主下台而永远记得他，而不是记得他是一个弊案缠身的总统[ 1 ]。参加连署的学者也在会上表示：若陈水扁不下台，民进党应该开除他的党籍。美丽岛事件受难者张富忠听到消息后，感到高兴，他认为，以前被关、被杀、被抓都不怕了，现在要陈水扁下台，不会被关，也不会被杀，大家怕什么。民进党应找回原来的精神，不该再禁声无言，不该纵容陈水扁[ 2 ]。‘立委’赖幸媛表示‘终于看到有正义感的学界朋友出来发声’。
陈水扁坐立不安
倒扁活动第一波，国亲两党向‘立法院’提出罢免案，朝野事先都估计难于通过高门槛，陈水扁心里不紧张，第二波是泛绿阵营台联党精神领袖李登辉推动陈水扁下台，陈水扁认为李登辉是他的手下败将，不予理睬，但面对一群有影响的本土的亲绿学者，他们是美丽岛受难者及学运世代人士，拿出过去反对国民党的热情，以政治道德，进行倒扁活动，其压力远超过国、亲的罢免案和李登辉要更换台湾之子的压力，使陈水扁坐立不安，难以对付，其幕僚１３日夜赶忙代为表态，‘总统’一向重视各方的意见，他会‘虚心受教’。过了两天，又传出‘总统将下诏罪己，向党内表达愿意请辞下台或采取韩国模式主动退党的可能性都存在’[ 3 ]。陈水扁散发这些话题，其目的在试探党内各派系的态度。１６日中午，他在台北宾馆宴请独派大老、国策顾问吴澧培、黄昭堂及行政院长苏贞昌等人，晤谈长达三小时，大老们鼓励陈水扁没有不要在此时下台，希望陈水扁持续推动‘正名、制宪’，陈水扁则表示，未来两年，会好好推动２００４年竞选时的政见，企图争取独派大老的支持。陈水扁又想在１７晚召集府、院、党高层及所有党籍的‘立委’和县市长，举行‘党内扩大会议’，但他在１７日下午紧急召见‘四大天王’及总统府秘书长陈唐山、国安会秘书长邱义仁，民进党总召柯建铭等人，商讨如何应对亲绿学者和举行党内扩大会议的问题。游锡昆在会上反映外界对召开‘扩大会议’观感不佳。当时《中国时报》民 调：四成四民众认为陈水扁应负起责任下台，六成七民众对民进党的表现感到失望，四成八的人觉得民进党应开除阿扁的党籍或停权或陈水扁主动退党[ 4 ]；同时，民进党内老党员蔡丰文串联一些创党及资深党员何金、侯海熊、汤水泉、陈英钦、黄永聪、侯庆昌、苏庆华等人，发动联署罢扁[ 5 ]。游锡昆认为在此状况下，担心开‘扩大会议’可能变成罢扁会议，他建议取销‘扩大会议’，获得赞同。下午四时，陈水扁不得不突然宣布取销当晚的‘扩大会议’。
７月２１日晚上，民进党全国代表大会的前一天，陈水扁决定不出席大会，并发表了三千字的《民主困境与政治道德》声明，他在声明中，没有表示请辞下台或退党，也没有提到缠身诸多的弊案如何处理，却说‘个人进退在历史的洪流中，有如微尘起落，个人愿意彻底谦虚反省，从头改正，并祈人民给我鞭策，赐给我力量，继续承担完成未竟的使命’[ 6 ]。这个声明表明了他恋栈权位，不肯下台，对亲绿学者呼吁，做了拒绝的回应。他也担心民进党全代会成为批扁大会，表明自己没有退党及下台的意愿，而发出求救的声音。
全代会成了挺扁大会
７月２２、２３两日在台北市国际会议中心举行民进党全代会。民进党过去开的全代会，向来是百家争鸣，这次在开会的那一天，前民进党组织部副主任庄严穿着‘恭请陈总统下台、抢救民进党未来’的醒目Ｔ恤上衣呛扁，出现在场外；过去以自焚方式抗议国民党主政时期的黑金政权、民进党创党党员詹益桦，今天其父亲手持儿子的骨灰坛，在会场前，大骂陈水扁只会骗人，台湾选上陈水扁是‘台湾哀’，他说：今天的民进党已失去创党时的精神，民进党对不起他的儿子为民进党的牺牲[ 7 ]。
这次全代会，虽然陈水扁没有参加，场内挂满了‘勇敢承担’字样的大、小布条，展示了民进党‘勇敢承担’批评指责，虚心改革的决心，并散发了陈水扁头一天发表《民主的困境与政治道德》的声明。声明中把‘民主的困境’推到旧政权造成的，却不提任何与自己有关的政治道德争议。会场里喊出‘巩固领导中心’，反省、改革之声。游锡昆在致辞中表示，对于民进党六年来，不符合社会及人民期待，表示歉意，但又强调改革、自省，没有特效药，民进党只有一个选择，就是‘摆脱一人领导模式、重建集体领导’的透明执政机制，苏贞昌则大喊，民进党要走正道，面对外界的指责，他呼吁大家不要因此丧失自信，要诚实谦卑面对。游锡昆表达的‘谦意’。苏贞昌呼喊‘走正道’，只是华丽的词藻，掩饰其‘挺扁’的图谋。吕秀莲则拿着陈水扁的声明，似示认同，她说：民进党一路走来，经过五次大危机，最后这次罢免案危机，仍有余波，民进党在这困难关键时刻，应该‘三破三立’：破除贪腐特权、破除人头党员、破除派系恶斗 [ 8 ]。会上却没有人敢触及弊案问题。会前，党务联署提案中，强调陈水扁‘权力下放，即视同停权’，而今天大会提案中，这些字不见了。‘停权’已成了空话。陈水扁的声明，掌控了全代会的进程。两天的大会，听不到‘倒扁’的声音，听到的是‘挺扁’的声音。甚至有一‘立委’李俊毅竟提出‘坚信陈总统清白’的提案。这些意味着这次党代会，民进党不但没有与陈水扁进行切割，反而加深了彼此的命运共同体的关系。陈水扁又一次化解了被赶下台的危机。
２３日下午通过‘廉政条例’、‘解散派系’两个重要提案。‘立委’王幸男提出‘解散派系’和立院党团总召柯建铭的‘派系自律公约’，进行讨论，在游锡昆主持下 ，先表决柯建铭提案，未得通过，再表决王幸男提案，在台上的吕秀莲、陈唐山、周清玉、叶菊兰、蔡同荣、郑宝清等人举手支持，最后，以１５３票比１１３票，达到出席２７９席的半数通过。根据提案，未来民进党内将禁止以党派名义设立办公室、招募会员、对外募款 召开党员大会、邀请政务官报告，党公职任职期间，也应退出派系。民进党内的派系，已存在二十多年，而民进党也是在党内的派系基础上建立起来的，各派系之间，因其经济基础不同，理念的差异，亦有权力的争夺，乃至个人的恩怨，深刻影响着党内的政策制定、人事的安排和组织体制。但有的派系却凌驾政党权力机构之上。以往几次全代会曾提过‘解散派系’，都不了了之。民进党执政上台之后，陈水扁采取平衡的手法，使各派相互制约。目前，党内的主要的派系 ，有‘新潮派系’、‘正义连线’和‘福利国连线’，党内重要人物背后，都有派系的支撑，陈水扁有‘正义连线’，谢长廷有‘福利国连线’，苏贞昌则与‘新潮派系’有密切的往来。‘解散派系’提案通过后，‘福利国’办公室及其相关运作机制，当天起即全部解散，‘正义连线’会长许添财当天表示，率先响应解散连线，不许任何人以‘正义连线’名义发言，而‘新潮系’总召赖清德却表示：‘解散派系’不利于民进党走出困局、促进团结，北、高市长选举在即，党中央却挥刀大砍派系，可能未受其利，先受其害。新潮系前总召段宜康则质疑：党内没有面对真正的问题，而是把派系问题当成‘假想的稻草人’，错失改革的机会，令人遗憾。他认为民进党的问题，根本不在于派系，少了派系，民进党内将欠缺沟通协调的机制。
这次全代会虽然通过了‘解散派系’案，但相关的罚则及配套措施，尚要等待明年全代会的决议。所以，这次通过解散派系案，意义大于实质，可能立即影响的是党主席每周二要与派系领袖人的例会，将被取消。而各派系也并未立即实质的解散，将化明为暗，转为地下运作，决议并不可能挽回民进党清廉和改革的形象。
会议通过的‘廉政条例’是唯一与陈水扁有直接关系的条例。去年底三合一选举，民进党大败之后，党内成立了廉政委员会，这次把‘廉政条例’纳入党章，提升廉政委员会位阶和权力，；并扩大了实施范围。该条例规定，凡涉及贪腐的党籍公职人员，如起诉，至少停权，一旦定罪，则革除党籍。条例并清楚明列，包括正、副总统、立委、政务官、直辖市长等主要公职人
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