淞沪战役期间，宋希濂三十六师伤亡惨重。赵朴老和圆瑛法师等以上海佛教界护国和平会名义组织了上海僧侣救护队，开赴吴淞前线，抢救伤员。赵朴老自己也上前线，帮助抢救伤员。与此同时，赵朴老将他所收容的一百多位报名上前线的青壮年难民送到三十六师补充兵员。

　　随着淞沪抗战的失败，上海论陷，租界论为“孤岛”，难民越来越多。“慈联会”所属的难民收容所先后有50多个，收容难民约50多万人次。大好河山论入日寇手中，难民们同仇敌忾，强烈要求上战场报仇雪恨。朴老得到“慈联会”的批准，集中青壮年进行抗日救亡教育和军事训练，让有劳动能力的妇女组织生产支前。1938年春天，新四军成立后，赵朴初以输送难民垦荒为由先后将1200多名青壮年难民送到皖南加入新四军。其后又陆续把大批青年送往苏南、苏北新四军部队，参加抗战。当时新四军在敌寇封锁下，部队缺医少药，医疗工作十分困难，通讯器材也十分缺乏。赵朴老冒着生命危险，在上海多方筹措通讯器材和医疗器械与药品，源源不断地送往前线，有力地支援了抗战。赵朴老自己曾写诗记载此段历史：

　　挥手汽笛鸣，极目楼船远。

　　谈笑忆群英，怡怡薪与胆。

　　雄风舞大旗，万流助浩汗，

　　同张射日弓，待看乾坤转。

　　1998年秋，91岁高龄的赵朴老重书此诗时，作了如下注解：“抗日战争初期，余负责上海战区难民收容工作。1938年，选送难民中优秀壮年、青年及部分优秀难童暨工作人员，赴皖南新四军本部，此为送行时之作”。这段话，充分说明了赵朴老在抗日战争的开始阶段，即与中国共产党领导的抗日力量新四军保持着联系，也从一个侧面反映了赵朴老爱国进步的政治态度。当年在上海负责地下党工作的一位领导曾说过：“那时党要做的，赵朴老也在做；赵朴老做的，也符合党的需要。在工作实践中，他的影响越来越大，很多工作自然需要他去做”。

　　赵朴老虽然是一个佛教徒，但活动空间不仅限于佛教界，他一生追求进步，探索真理，孜孜以求，矢志不移。他深刻地感受到作为一个宗教家的社会责任。在抗日救亡运动中，他深切地感悟到，只有中国共产党及其领导的抗日救亡及社会进步事业，才是中国的希望所在。日本帝国主义侵略中国，中华民族面临危亡关头，作为一名年轻的佛教徒，赵朴老与广大民众一起共赴国难，积极接触进步人士，阅读进步书籍，关心国家大事，在“抗日救国、救亡图存”口号的感召下，积极投身于抗日救亡运动。

　　1940年，难民工作基本结束，关炯之将净业难民收容所遗留的难童和国际救济会移交的难童共百余人集中，成立了上海净业流浪儿童教养院，请朴老任副院长，主持日常工作。这些孩子许多因战乱而流浪街头以至犯罪，对他们的教育是一个新的课题，赵朴老专门撰写《流浪儿童教养问题》一文，指出：“我们的教育目的，在乎怎样纠正孩子们过去的缺点，教他们怎样的做人，读书识字是其次。教养院是一座桥梁，把孩子们从黑暗的一头，带到光明的一头。”孩子们在教养院上午上课，下午做工。教养院变成了怎样做人的道德培养基地。教养院虽然是佛教办的，但赵朴老在其慈善事业中，并未要求所资助的对象非皈依佛门不可，而是让他们成为自食其力、服务于社会的有用之材。

　　当时，赵朴老所做的慈善救济工作，还延伸到河南、陕西、甘肃等地。1942年至1943年，河南发生旱灾、蝗灾，致使遍野饿殍。赵朴老在上海闻知开封惨相，发起赈灾募捐，不仅募集了大量的救济资金，还先后送去数百斤急需的药材。河南方面用这些药材制成丸状药食，日服少许，便可延续生命，其效果震动了开封城，被人们誉为“救命丸”。

　　1946年，儿童教养院改组为上海少年村，搬到宝山宝华寺。赵朴老任村长，后改为常务理事。许多孩子在少年村入了党，参加了解放军。他们在离开少年村后，赵朴老还经常给他们写信，告诫他们：“你们千万不要忘本，要永远为广大的劳苦大众谋利益。”