1946年1月13日，马叙伦置生死于度外，参加在玉佛寺举行的公祭于再烈士大会。右起四人依次为马叙伦，柳亚子，林汉达，沙千里。
一九四六年七月，国民党反动派在美帝国主义的大力支持和策动下，作好全面内战的充分准备后，彻底撕毁了《政协决议》和《停战协定》，向解放区发动全面的军事进攻。解放区军民奋起自卫。全面内战爆发了。同时，蒋介石集团也进一步加紧了对国统区人民的独裁统治。七月间，他们派出特务暗杀了著名的民主人士李公朴、闻一多。八月至十月，禁封了《民主》、《周报》等一大批进步刊物。十一月，与美帝国主义签订了全面出卖国家主权的“新二十一条”——《中美商约》。他们还疯狂地镇压工人和学生运动。在经济上，他们滥发纸币，制造通货膨胀，残酷榨取劳动人民的血汗。国统区广大群众挣扎在暗无天日的苦难之中。蒋介石把这一切都看成是他的胜利，把中国共产党在这一时期所作的一切和平努力，当作软弱的表现，把人民解放军为避开优势敌人的攻击，主动放弃一些城市的战略战术，看成是军事上的失败，因而利令智昏，得意忘形，以为从此可以为所欲为，中国就是他的天下了。就在国民党军队侵占张家口的当天，蒋介石悍然决定召开由他一手包办的伪国民大会，想以此来使他的统治“合法”化。
但是，蒋介石错误地估计了人民的力量，他的美梦很快就被迅速发展的形势打得粉碎。在军事上，中国人民解放军根据毛泽东主席集中优势兵力、各个歼灭敌人的作战方针，从一九四六年七月至一九四七年三月，在进行战略撤退的同时，歼灭敌人有生力量七十—万，彻底粉碎了蒋介石对解放区的全面进攻，而且在东北、晋察冀、晋冀鲁豫等战场还向国民党军队发起战略反攻。一九四七年三月至六月，中国人民解放军又歼敌四十一万。至此，蒋介石被迫从进攻转为防守，军事优势变成了劣势。在国统区，蒋介石的独裁统治也遭到了广大人民群众空前激烈的反抗。在中国共产党的领导下，广大工人、农民、学生和各界爱国人士，开展了广泛的轰轰烈烈的反蒋爱国民主运动。蒋介石的所作所为，并没有使中国朝着他所希望的方向发展，相反，加速了中国革命的进程。正如毛泽东主席在当时深刻指出的那样：“和全民为敌的蒋介石政府，现在已经发现它自己处在全民的包围中。”毛泽东主席还指出，中国境内已有两条战线。蒋介石进犯军和人民解放军的战争，这是第一条战线。第二条战线，就是国民党统治区内各阶层广大群众轰轰烈烈的民主运动。
中国民主促进会在上海积极参加了第二条战线上的战斗。
“六·二三”下关惨案和全面内战的爆发，给全体民进成员以极大的教育，它使大家认识到，向国民党反动派请求和平，是要强盗放下屠刀，无异于与虎谋皮，根本办不到。马叙伦在《人民自己来解放吧》一文中指出：“政府这样地剥夺我们的自由，我们除了和他们奋斗争取，不会得到自由的。”一九四六年七月中旬，国民党特务在昆明相继暗杀著名民主战士李公朴和闻一多的噩耗传到上海后，民进立即与上海人民团体联合会、全国争取和平运动大会联合召开监理事联席紧急会议，发表宣言，揭露和声讨国民党当局不断制造流血惨案的严重罪行。宣言中说，“我们认为中国民主政治的至今没有实现，人民自由的至今毫无保障，执政的国民党决不能推诿责任。尤其从政治协商会议闭幕以来不断发生反政协、反和平、反民主的暴行惨案，以事实否定了自己所宣布的诺言，破坏了自己所同意的协议，无异在人民面前宣布自己政治信用的破产。”“杀害争取和平民主的人士，就是杀害和平民主。没有和平民主，全国人民便只有死亡和做奴隶。”宣言要求政府立即实行下列诸事：一、全面停战，恢复和平；二、履行四项诺言，切实保障人民自由；三、执行政协五项协议及整军方案，成立民主的联合政府，召开民主的国民大会，制定民主的宪法；四、取消一切特务组织；五、由各党派共同组织调查委员会，彻查较场口事件以来一切暴行惨案的真相，严办祸首和凶手，并惩办负责的治安当局；六、优恤一切死者，赔偿一切伤者的医药费及其他损失；七、释放一切政治犯。七月十七日，在商量祭悼李、闻烈士的一次会议上，马叙伦提议：李公朴不应国葬，因为他反对这个不民主的国家，也不应同盟葬，因为他不仅仅是属于同盟的，而应举行人民葬，因为他是为人民而死的。同时在《从李闻案谈到暗杀政策》一文中愤怒指出：用暗杀作为政治斗争的手段，“是国民党日薄西山的象征。”他还说“我自然预备着接受一颗子弹，但是我也预备送还他一颗原子弹。”在上海，各界群众和团体在静安寺举行公祭李、闻二烈士大会时，中共代表团周恩来等亲自参加公祭，马叙伦、王绍鏊等民进领导人也都前往吊唁。马叙伦在《努力达到他的志愿》一文中说：“李公朴先生已经发出了太阳的光明，在照着我们前进。我们只有达到他的志愿，才是对他的安慰”。正是在这一精神激励下，全体民进成员以“预备死”的大无畏气概，同蒋介石反动派展开了英勇的斗争。
一九四六年八月和十月，《周报》、《民主》相继被反动当局查禁，民进领导人马叙伦、周建人、许广平并联合上海各界知名人士纷纷发表文章，尖锐地指出：“人民的口是终归封锁不住的，文化是终归虐杀不了的。”呼吁“全体人民一致起来争取人民所应有的自由权利。”
蒋介石为了使他的独裁统治披上“合法”的外衣，一九四六年十一月十五日在南京召开由他一手包办的伪“国民大会”，并在十二月二十五日通过了伪“宪法”。这完全是反和平、反民主、反政协决议的，是完全非法的。民进与民主建国会、工商协会、妇女节制会、中国妇女联谊会上海分会、九三学社等十一个人民团体在上海发表《对一党宪法的联合声明》，严正指出：“这次片面召开的‘国大’，其代表或为十年前一党所选出，或为最近一党所指定，即非基于今日自由普选而产生，又非根据政协整个的政治妥协而成立，根本不能代表今日的民意，当然不能为全国大多数人民及各民主党派所承认。……这一宪法的产生基础及基本精神，彻头彻尾是反民主的、反政协的，其根本目的又在于利用这一所谓‘民主宪法’作为战争的武器，借以伪装民主，对付异党，扩大战争，重苦人民。”民进坚决反对伪国大，否认伪宪法，表现了它对中国革命的深刻认识和为争取全国真正和平民主的坚强决心。
在这一年里，民进还对蒋介石集团无耻出卖国家主权，沦中国为美国殖民地的罪行进行了不懈的斗争。蒋介石发动内战，必须依赖美帝国主义的支持，而美帝想扩张侵略势力，把中国变为它独占的殖民地，也需要傀儡政权。他们互相勾结、互相利用。美帝向中国大量倾销剩余军事物资，帮助国民党运送军队，作为交换，它又向国民党政府索取各种主权。一九四六年十一月，国民党当局与美帝国主义签订了全面和彻底出卖中国主权的《中美商约》，使中国的领土、领海、领空，中国的经济、文化等各个领域，全部都向美帝开放，而且美国人在中国享有比中国人更多的优惠特权。当时，民进领导人连续发表文章，强烈谴责国民党当局无耻卖国行径，坚决反对美国政府的对华政策。指出：“中国的内战，已证明美国是实际参加的”。对美蒋勾结，一面发动内战，一面掠夺我主权的罪恶行径，认为。这是从前清鸦片战争以后在中国被侵略史上最重要最惨酷的一页”，“这种国家道德丧尽有忝文明的行为，十足表现了资本帝国主义狰狞的面目”“中国的‘炎黄子孙’只有绝对的反对，”有民进参加的上海人民团体联合会并发表了对于《中美商约》的声明，坚决反对这一丧权辱国的新的不平等条约。指出，“中国人民可以从这个条约的签订得一新的教训：在民主政府没有实现之前，国家独立和人民利益是毫无保障的”，“只有实现了真正的民主政治，由人民自己掌握了国家大权，才能废除这个新的不平等条约。”
蒋介石集团为了加剧对国统区人民的法西斯统治，一九四七年五月三日，在伪《中央日报》上公布了一个诡称是在延安搜获、由毛泽东亲自签署的中共绝密文件《中共地下斗争总路线纲领》，并发表所谓政治观察家评论，公开诬蔑说“素以独立、和平、合法自诩之民主同盟及其化身民主建国会、民主促进会、三民主义同志联合会等团体，其组织已为中共所实际控制，其行动亦系循中共意旨而行”，“受中共之命，而准备甘为中共之新的暴乱工具”，公开发出了有计划地迫害和平民主战土的信号。七月四日，国民党当局悍然颁布《勘平共匪叛乱总动员令》，把国民党统治区广大人民群众的爱国民主运动，统统作为是共产党的“叛乱”，直接出动宪兵、警察、军队进行血腥镇压。接着国民党又训令各级组织，对民主同盟、民主促进会和三民主义同志联合会实行对上层分子“暂时容忍敷衍”、其余中下层人士则不必客气，只要发现，不问其情由如何，“一律格杀勿论”。针对国民党的无耻诬蔑，民进在《文汇报》上发表了《致张院长(岳军)公开信》，无情揭露了反动当局的奸计，严正指出：本会为民主运动之团体，目的在“促进民主政治之实现”，决不惧诬蔑之加，亦决不因恐吓压迫而阻挠。“本会等以人民之立场而要求民主，争取民主，凡不直政府之为而致抨击，何谓叛国？国固吾人之所有也，吾人正不直夫政府所为之将复亡吾国而亟起自图以救之也。吾人尚未以叛之名加诸政府，而政府乃以叛之名加诸人民，颠乎否？名之不正甚矣！此是非之所以不明也，然而人固知中宣部之所谓叛者，谓叛国民党耳！”《公开信》还警告国民党政府：“纵尽民主运动之团体而禁止之，尽民主运动人士而戮杀之，果足以必揭竿斩木者不起乎止？如其禁止杀戮而有效也，则秦始皇、路易十四之往事为伪迹，而历史之范则将不足信！”正气凛然地表明了民进誓为争取民主，不惧威胁恐吓乃至迫害的坚强意志。
这时，国内战争形势发生了一个根本的变化，人民解放军由战略防御转入战略进攻，而蒋介石连续损兵折将，由优势变为劣势，面临全面崩溃的境地。但是蒋介石集团并不甘心自己的失败，他们还要作最后的挣扎。在全国各地血腥镇压群众的事件层出不穷，对蒋介石集团的法西斯白色恐怖，民进早已有所准备。一九四六年八月，民进理事会就提出：鉴于近来环境日险，召集全体大会已不易，故决定以后活动分小组进行，以缩小目标，隐蔽力量。一九四七年二月，马叙伦又重申了
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