新中国诞生后，马叙伦继续主持民进会务，担任民进中央主席，领导民进为建设繁荣昌盛的新中国而努力奋斗。
由于民进第一次会员大会通过的章程中规定：“本会至国民代表最高权利机构成立后，由大会决议宣告结束。”因此，在民进的某些发起人中产生了民主实现，民进的历史任务已经完成，民进组织应该结束的思想。马叙伦在党中央、毛泽东主席和周恩来总理的亲切关怀和热情帮助下，及时领导民进同志们扫除这些思想障碍，继续前进。1950年4月，他主持召开了建国后民进的第一届全国代表大会，经过充分讨论，理事会进一步明确认识到，“本会继续存在与否，关系很大，不是单纯的本会存废问题，而是人民民主统一战线的整个问题”；与会代表也充分认识到“本会既然是全国人民民主统一战线构成分子之一，如果自己宣告结束，就会直接削弱了人民民主统一战线的力量”。因此，大会通过了《关于本会应继续存在并加强工作的决议》，明确指出：“为了巩固与扩大人民民主统一战线，为了提高自己对于人民革命事业的贡献，本会不但不应该结束，而且还要更加努力，设法从各方面来充实自己的内容，加强自己的工作。”大会还通过了接受人民政治协商会议共同纲领为民进纲领的决议。马叙伦在这次会议上被连选为民进中央理事，在全会上又被选为民进中央主席。他领导民进会员积极投入巩固人民政权，恢复国民经济的各项工作中。
朝鲜战争爆发后，马叙伦领导民进，立即发表声明，愤怒抗议美帝罪行；支持中国人民志愿军渡江与朝鲜人民并肩作战。民进还鉴于建国初期的经济状况，成立了爱国武器捐献委员会，马叙伦为委员会的主要成员之一。民进中央要求每一个会员以实际行动响应中国人民抗美援朝总会号召，积极投入爱国活动，制订和执行爱国公约，捐献飞机大炮，做好拥军优属工作。
为适应新形势的要求，结合会员中知识分子较多的特点，马叙伦还积极领导会员学习马列主义毛泽东思想，提高思想觉悟。他亲自担任民进毛泽东思想学习委员会主任，还带领会员参加土改、镇反及三五反运动。这些，对巩固新生政权，反对内外敌人，活跃国家政治生活，恢复国民经济，都是十分有益的。
在社会主义改造时期，马叙伦适时地在民进组织中指出：各民主党派都是中国共产党领导下的革命统一战线的一个组成部分，和党有着共同的奋斗目标，这就是实现社会主义社会，再进入共产主义社会。他还不断教育和鼓励全体会员，为这个目标努力工作，在革命和建设中发挥作用，并以自己的行动带领所联系的群众，在各自的岗位上，高质量地完成任务。
我国社会主义三大改造基本完成后，党为使社会主义事业进一步发展，提出了同各民主党派“长期共存、互相监督”“百家争鸣、百花齐放”的方针，马叙伦表示衷心拥护。他在政协二届三次会议发言中说，“一切为了社会主义，一切服从社会主义，这是检查我们民主党派各项工作正确与否的最高尺度，也是长期共存、互相监督这一方针对我们民主党派提出的基本要求。为适应这一要求，我们还需要努力再努力，学习再学习。”
他还著文强调党的领导，说：“中国共产党领导中国人民进行坚持不懈的反帝、反封建、反官僚资本主义的斗争，终于建立了中华人民共和国。这种丰功伟绩是中国历史上空前的新纪录。没有共产党就没有新中国，完全是人民的正确评价。”他在主管教育部和高教部工作中，同党内负责同志团结合作，每遇重要问题，都与党组书记、副部长钱俊瑞商量。钱俊瑞也经常把党组讨论研究的有关教育工作的大政方针，告知马叙伦征求意见。他们肝胆相照，亲密无间。一次党组考虑要增加一名副部长，提议由曾昭抡担任。当葛志成代为征求意见时，马叙伦高兴地回答说：“曾昭抡同志是有名的教授，请他担任副部长，可以加强教育部的领导力量，我完全同意。党的意见就是我的意见。”马叙伦和其他几位副部长也合作得很好。他作风朴实，平易可亲，严于律己，待人诚恳。对干部在工作上严格要求，在生活上关怀体贴，受到大家的敬重，把他作为良师益友。
1958年，他患病卧榻，还委托赵朴初代表他在民进会议上发言，鼓励全体会员要信任党，靠拢党，接受党的领导；要全心全意为人民服务；要虚心学习，持之以恒，进步更进步；要任劳任怨，作风踏实；要密切联系群众，积极培养对劳动人民的感情。
对新中国的建设，马叙伦的贡献是多方面的。他受党和人民的重托，先后兼任过政协全国委员会委员、常委、副主席，中央人民政府委员，政务院政务委员，全国人民代表大会常务委员会委员，政务院文化教育委员会副主任，中国科学院学部委员，中国文字改革委员会主任委员，中华全国体总主席，中苏友协理事，保卫世界和平抗美援朝委员会常务理事，中国教育工作者工会全国委员会常委，中国文字协会委员，中国民主促进会中央理事会主席和中国民主同盟中央委员会常委、政治局委员、副主席等职务。
马老一生自奉简约，律己（包括家属）以严，待人以宽。1955年，马老自知无恢复健康之望，遂写下遗嘱，嘱咐身后之事云：
“我去世后，不必讣告，不受赙赠，即花圈挽章皆预谢不受，亦不劳动友亲，至要至要。
我生平所蓄可谓无长物，所有亦或失之战劫，或已赠之公家，如今只随身所有耳。今处分如下：哥瓷器具尽献公家，或国或省请人商定；书籍凡足资研究我国旧学者尽贻浙江师范学院，因我过去已将杭州藏书悉赠此院。此外，如儿辈学习有需，即分有之；衣服无多，杏媞（马叙伦夫人——编注）及子女各有一二，以资纪念，勿作遗产视为好。龙璧（马龙璧，马叙伦的侄子——编注）亦当赠以纪念物；慧姑虽非同姓，情谊至深，往当困难时能以济我者甚多，当请其自择可为纪念者赠之。”
事莫大于生死，马老如此从容自处，其坦荡高洁，不难想见。我们后来人读之，能不向往景仰而自励。
1957年，马叙伦终因用脑过度，神经极度衰弱，患脑软化症，神经系统功能逐渐衰退，生活不能自理，长期卧床。党中央对他十分关怀，周总理多次指示要全力挽救。
1958年6月5日这天，护士柯贵贤见马叙伦精神稍好，邀他写几个字留念。在柯护士的扶持下，马叙伦走下病床，勉力书就最后一幅字迹：
我们只有跟着共产党走，才是在正道上行，才有良好的结果，否则根本上就错了。
这无疑是他毕生追求真理，向往光明的结晶，一生追求进步的写照，也是他的政治遗嘱。
1970年5月4日，马叙伦因并发肺炎，抢救无效，不幸逝世，终年八十六岁。
最后，编者愿以雷老的几句话，作为全书的结束。在纪念马老诞辰一百周年大会上，早年即追随马老，并肩奋斗了三十余年的雷洁琼深情地说：“马叙伦同志是一位忠贞的民主革命战士，是中国民主促进会的主要创始人，是同中国共产党长期合作的亲密战友。” “是一位受到社会各界尊敬的爱国志士和进步学者。”她还号召民进会员，纪念马叙伦“不仅是缅怀先辈，更重要的是学习他那种毕生献给民族振兴、祖国富强的爱国主义精神，学习他永远跟着共产党走，随时代而前进的革命精神……”。
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