1917年春，马叙伦应蔡元培校长之电邀在北京大学任文科教授。他为人正直，学有专长，被推举为校评议会委员，并被誉为“中文系台柱之一”。
    正当马叙伦专心治学之时，伟大的“五四”运动爆发了。蔡元培校长因同情学生的爱国义举和积极营救被捕学生遭到军阀政府的嫉恨。5月9日，反动政府连下三道命令：查办北大校长，将学生送交法庭，整饬学风。蔡元培反对军阀镇压学生，又不愿公开与当局对立，遂于5月10日辞职出走。马叙伦对军阀政府的倒行逆施极为愤慨，他走出书斋，全力投入斗争之中。
    蔡元培出走的当晚，北大教职员为挽留蔡元培和支持学生爱国运动，举行了全体会议，一致推举马叙伦、马寅初、李大钊为挽蔡代表。他们受托当夜便到教育部请愿。5月11日，北京中学以上的学校成立了教职员会联合会，推选康宝忠为主席，马叙伦为书记。后康宝忠病逝，马叙伦遂任北京教职员会联合会主席。他出席会议，发表演说，起草所有的宣言、声明、抗议书，并代表教联会与当局谈判。在运动发展到高潮时，他昼夜工作，与各方人员联络磋商，广泛发动教职员，与爱国学生统一行动，使他所主持的北大教职员会和北京教职员会联合会成为学生运动的有力后盾和挽蔡斗争的主要力量。
    5月12日，以马叙伦为首的教联会代表与各校学生代表举行联席会议，再次表明挽蔡决心，学生准备罢课。5月13日，马叙伦等9名教联会代表到总统府请愿，要求挽蔡。各高等学校校长相率辞职，以示声援。军阀政府的假挽蔡、真镇压激起广大学生的更大义愤，5月19日北京中学以上学校的学生一律罢课并向军阀政府提出拒绝在巴黎和会签字、惩办卖国贼等四条严正要求。军阀政府无视民意，加紧镇压，6月3日，大批学生上街示威、演讲，被当局逮捕一百七、八十人，翌日，学生举行更大规模的示威游行，到总统府请愿，又被捕约八百人，其中多为北大学生。军阀政府把学生监禁在北河沿北京大学三院，施以拷打、虐待。教联会得知这一情况后，立即开会推举马叙伦等8名代表前往探望。代表们受到军警阻拦不得入内，这时，一位外籍教师大怒，闯门而入，马叙伦等两名代表遂接踵冲入。师生相见，十分激动，但军警在旁严密监视，不得畅谈，马叙伦遂改用文言文演说，介绍时局，慷慨陈辞，鼓舞学生斗志。军警不解其意，张口结舌，而学生群情激动，掌声不断。马叙伦为应付军警，才在最后改用白话说了几句劝学生各自回家的话。为营救被捕学生和请回蔡元培校长，马叙伦还率教联会20名代表，多次到教育部交涉，并努力争取社会舆论的支持。军阀政府迫于社会压力，释放了被捕学生，并表示催促蔡元培返京复职。
    马叙伦还营救过“五四”运动中的先进人物陈独秀。1920年的一个傍晚他得到了军阀当局当夜要逮捕陈独秀的消息。他知道陈独秀住在东城脚下福建司胡同刘叔雅家，尚有十五、六里之遥，时间紧迫，通知已来不及，遂机智地决定，借电话请沈士远教授就便转告。因在电话中不能说出陈独秀的名字，他便说：“告前文科学长速离叔雅所。”陈独秀遂得以及时躲避，翌日晨，在李大钊伴同下化装乘骡车离京而脱险。
                                     （舟辑）