在20年代初积极帮助早期的共产党人，先救“南陈”，后救“北李”，为革命做出重要贡献。

　　中共党史上有“南陈北李，相约建党”之说，马叙伦与北京大学文科学长陈独秀、北大图书馆主任李大钊既是同事，也是新文化运动志同道合的战友。此时他虽没有参加共产党的创建，却从思想上同情这些革命者并尽力提供帮助。1920年1月的一个傍晚，马叙伦得到军阀政府要在当夜逮捕陈独秀的消息。为避开监视，他机智地打电话给住在陈独秀附近的沈士远教授，不直接说出名字，只称：“告前文科学长速离叔雅所。”陈独秀得此报告，遂连夜躲避。翌日晨，在李大钊伴同下，陈独秀化装乘骡车离开北京，在路上又商定了建党之事。

　　1921年8月，马叙伦在北京被军警打伤，遂南下到杭州任浙江第一师范校长，提倡民主办学并推行北京大学教授治校经验。1922年夏，经蔡元培等推荐，马叙伦被任命为浙江省教育厅厅长。不久北京政府改组，他被任命为教育次长，于是北上回京。当时有人认为他当北洋军阀政府的官不合适，而他表示“教育部关系革命，不应放弃”。1924年秋天，一天教育部得到一份密件，其中引内务部的情报说：“共产党首领李寿常在各校活动。”兹请教育部马上查办。马叙伦马上意识到所讲之人正是李大钊的字“李守常”的谐音，便甘冒风险把此件压下不办，并立即通知李大钊迅速转移脱险。

　　1927年大革命失败后，马叙伦积极营救被捕下狱的共产党员。后来他在政府内又秉公办事不买蒋介石、陈果夫的账，深受国民党当局嫉恨。在南京政府提出“马叙伦不孚众望，令其辞职”后，他愤然辞官，再次回到北京大学致力于教学和学术研究工作。

　　在北平牵头成立文化界抗日救国会，赶到成都劝说军阀刘湘，为促成停止内战而尽力；抗战结束后发起组建“民进”，被选为主席。他率上海请愿代表赴南京时遭特务凶殴负重伤，拉着周恩来的衣服说：“中国的希望只能寄托在你们身上了！”1948年他赶往解放区。

　　30年代中期，面对民族危急，马叙伦出头发起成立了“北平文化界抗日救国会”，自己出任主席。他得知中国共产党提出抗日民族统一战线政策，便亲自赶到成都游说四川最大的军阀刘湘，把自己秘密得到的《何梅协定》抄件交给他看，说明国家面临日本侵吞的燃眉之急，不可再打内战。刘湘经此劝说，又从自身利益出发，在红军离川北上陕甘后果然提出联共主张，又支持张学良、杨虎城逼蒋抗日，为促成全国团结抗战局面的形成做了有益的事。抗战胜利后，已年过花甲的马叙伦大声疾呼和平与民主，并团结了一支文化、教育界争取和平民主的力量。1945年12月30日，上海文教界和工商界民主力量经过协商，决定成立“中国民主促进会”（简称“民进”），并在中国科学社召开了第一次会员大会，并选举马叙伦担任主席。

　　1946年春夏，随着内战日益扩大，马叙伦又召集组织六个民主党派团体，以站在国共之外的“第三方”身份，于5月5日召开了“上海人民团体联合会”成立大会，向国共两党都发出了要求停战的电函。6月23日上午，马叙伦为首的十位代表乘火车出发赴南京，准备向蒋介石请愿，上海各界竟来了10万人相送，“反内战、要和平”的呼声响彻车站内外。

　　国民党当局面对这场多年未有的人民大示威，恼羞成怒，令特务机关也以所谓“民众”身份对付。6月23日下午，火车刚到南京下关车站，几百名一副流氓相、自称“苏北难民”的特务和地主还乡团马上包围了马叙伦等代表。这群家伙叫嚣说共产党搞土改把他们赶出家乡，正盼政府出兵，上海和平代表应该去向中共方面“请愿”。马叙伦等人当场严拒这种无理要求，接着在喊打声中，暴徒们把代表们围殴了五个小时，在场的大批警察宪兵都一直袖手旁观，从而造成“下关惨案”。正在南京谈判的中共代表团团长周恩来得知后怒不可遏，马上向国民党当局交涉制止逞凶，并组织人将伤员送往医院。身负重伤的马叙伦躺在床上，拉着前来看望他的周恩来的衣服激动地说：“中国的希望只能寄托在你们身上了！”

　　在南京下关车站所流的鲜血，更使马叙伦和他所领导的“民进”在中国两种命运的决战中做出正确的选择。他为报刊撰写了百十篇战斗檄文，抨击蒋介石的独裁统治内战政策。为了保护他们，中共在上海地下党组织经过对路线、船只、时间的周密布置，避开特务监视，于1947年底将马叙伦和其他民主人士送上一艘德国货轮上去香港。1948年10月底，马叙伦呼应中共中央召开新政协的号召，同郭沫若等人离开，乘船北上奔赴东北解放区。

　　1949年2月，林伯渠携带周恩来写给马叙伦等人的亲笔信，迎接他们进入北平。6月间，马叙伦以“民进”代表身份参加了新政协筹备会议，当选为常务委员。会后他还担任了第六小组的组长，主持拟定新中国国旗、国徽和国歌方案。新中国成立后，马叙伦担任国家第一任教育部长和第一任高教部长，并继续主持“民进”工作。他任高教部长时年近古稀，因终日仍忙于工作而积劳成疾。1957年，他患了脑软化症，神经系统功能逐渐衰退，从此失去生活自理能力。1970年5月4日，马叙伦在多年卧床后因并发肺炎逝世，终年86岁。

　　一生突出“爱国”、“做人”、“做学问”，成为一代学人的师表。

　　马叙伦的一生，是一个由受旧文化熏陶的知识分子转变为民主主义斗士，后来又竭诚与共产党合作的典型。他早年追随孙中山，立志建设民国，后来又深恶军阀统治黑暗和国民党当局的独裁卖国，同共产党人由朋友式的同情发展为全身心地拥护。

　　在做人方面，马叙伦非常讲究气节，树立了“威武不能屈，贫贱不能移”的榜样。1937年秋，上海被日军占领后，陷于此的马叙伦悲愤不已，遂蓄起胡须，更名邹华孙，隐居不出。同年末，日军在华北成立了傀儡政府，出任伪教育总长的汤尔和是他早年的好友，曾派说客拿着亲笔信请他出山担任北大校长，马叙伦向来人严正表明不任伪职的立场，并反劝汤尔和保持晚节。1940年，曾是马叙伦学生的汪伪政权二号人物陈公博也曾邀他出任伪职，也马上遭怒斥。马叙伦生活陷入困境的时候，陈公博又派人送来大米和钱，他马上到门外亲自制止卸车，将大米和钱如数退回，并高吟屈原名句以自励。

　　马叙伦在从事爱国政治活动时，还不忘致力于中国文化的研究。他一生中研究的主要方向是中国语言文字学，对音韵、训诂、金文、石鼓文、古籍整理、校勘、注疏，以及老庄哲学、古典诗词和书法各方面都有很深的造诣，尤其对文字学的研究做出了卓越贡献。