吴文藻在离开北平前，已经联系好赴云南大学任教，薪酬由中英庚款董事会支付，项目是开办“人类学讲座”。中英庚款董事会给他指定了两项任务：一是在校任教；二是为该会派来的科学工作人员做边疆民族调查研究工作的指导。此时，吴文藻在社会学方面已有很高的声望，他的到来对云大的建设将会产生重要的影响。云大专门致函中英庚款董事会，云：“吴文藻先生担任教授一案，承贵会关怀，于困难之中，给予补助一年，许本校得良好师资，莘莘学子，后惠实深。”在“人类学讲座”的基础上，云大准备建立社会学系，校长熊庆来请吴文藻出任系主任，一切事全都拜托给他，并且请吴文藻以云大与云南建设为课题进行研究，提出云大办学与云南建设的方略。

　　吴文藻除了做他的“人类学讲座”、筹建社会学系之外，很是认真地对待熊庆来校长给他出的命题，思考如何办好云大，如何为云南建设服务。恰在这时，《云南日报》《星期论文》栏目向他约稿，于是，吴文藻写了《云南大学与地方需要》，洋洋洒洒几千言，对云南的建设进言献策。

　　自入滇两年来，吴文藻确实像头牛似的在低头苦干，担纲“人类学讲座”，指导重庆中英庚款董事会派来的科研人员江应梁、密贤璋，做边疆民族调查与研究；筹建云大的社会学系，领导法学院的工作；同时还要关心燕大与云大的合作研究室等。还要负责熊庆来校长需要他出面打理的事情，常常外出，坐着飞机，或是小车，去成都、重庆、贵阳，忙个不停。由于吴文藻的热心与名望，他还承担了不少云南省人类社会学、民族学等方面的组织工作，比如，牵头成立云南人类学会等等。

　　即使在战争的环境下，在承担着繁重的教学、行政工作的情况下，吴文藻依然坚持他的研究。社会学学科的建设，于他来讲是从多个方面进行的，他不是一个单纯的专业人员，而是专业的领军人物，不能因为组织工作而放松专业研究。他甚至认为，作为一个学科的带头人，必须走在专业人员的前面，在学科建设上写出开创性的论文。吴文藻在1940年先后发表的《民主的意义》和《论社会制度的性质与范围》两篇长篇论文，便极具开创性，给战时的社会学研究输进了新鲜的气息和活力。

　　吴文藻受中英庚款董事会指派在昆明主持“人类学讲座”，民族问题的调查与研究，便是题中应有之义了。重庆中英庚款董事会派来的研究人员，也是在吴文藻的指导下，进行边疆与民族的专题研究。用现在的话说，云南是一个少数民族分布聚居最多的省份，当时无此共识，但是作为边疆民族地区是无疑的。所以，吴文藻的“人类学讲座”与他所指导的边疆专题研究，都不能离开民族问题。他的《论边疆教育》便是阐述了在边疆不同民族中，如何进行普及教育的问题。尤其是燕大与云大的合作研究工作站，民族问题是其中一个主要的研究课题。为躲避日机的轰炸，这个工作站搬至呈贡，租下一栋三层楼的魁星阁，安营扎寨，开始了研究工作。在“魁阁”，费孝通将他在英国马凌诺斯基门下学到的Seminar精神与方式引进，形成了“魁阁”精神，即“魁阁”成员每人都有一个选题，根据自己的选题到农村社区或民族社区去做实地调查，之后，将调查的成果带回，在“魁阁”展开充分的讨论或争论。费孝通也只是在关键之处作些点拨，作些理论的延伸与概括。吴文藻有时也参加“魁阁”讨论，发表一些意见，但都是平等的，彼此可以讨论，因为“魁阁”精神就是建立在自由与真理之上的。

　　这一切，本应是正常的学术活动，而在战时，就更加难能可贵了。但是，这些活动，尤其是民族的话题，令以“社稷”为重的傅斯年先生深感忧虑，正如他的侄儿傅乐成教授所言：“中国民族问题，孟真先生始终坚持着‘中华民族是一个’的原则。他认为中国民族自古至今经常与外族同化，合成一体，中国境内现虽仍有若干种族，但也正在同化混合的过程中，不足影响中国民族的整体性。他对某些学者的巧立名目，强分中国为若干民族，表示不满。他认为政治固不应支配学术，但如果某种学术对国家民族有危害的可能，政府应加以取缔。”果然，朱家骅、杭立武听从了傅斯年的建议，中止了吴文藻在云大的“人类学讲座”。吴文藻所言在云南遭傅斯年“排挤”“撤销讲座”“被迫离开云大”，指的就是此事。

　　1940年底，吴文藻离开云南抵达重庆，进入战时国防最高委员会秘书厅参事室当了参事，自然算是从政了。他分管的领域是民族、边疆与教育，前两项有相同之处，但由于处在战时，民族与边疆方面反映出的问题并不多，所以，开始几年的精力基本都用在教育上。民国时期的许多官员都有学者的身份，吴文藻自不必说，本就是学者，现在从了政，本色依旧。但官员学者与学者官员还是有区别的，因为保持了学者的本色，也就可能与官场的本色不能融洽。吴文藻所在的国防最高委员会参事室，人数虽多，上班的人却少，相对不那么复杂，但是有两次，参事吴文藻当了中央训练团党政训练班的指导员，也让他见识了官场。

　　1943年6月，还是战事倥偬之际，国民政府中央设计局组织了一支由46个专家、学者组成的西北建设考察团，前往陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆五省，进行国防与建设的考察设计，分为铁路、公路、水利、农林、教育、卫生、民族、畜牧、垦殖、工矿等十二个部门，新疆监察使罗家伦为团长，吴文藻被抽调参加，任务是负责以新疆民族问题为主的西北民族问题调查。吴文藻没有跑遍五省，只到了甘肃、青海与新疆，而新疆是重点。在新疆，他单独会见了“新疆王”盛世才。还“无意中知道美国领事Ceuld改驻迪化，曾应晚饭约，系在燕京时旧识。”长达半年之久的考察，是吴文藻接触与了解边疆与民族的大好机会，也是一次经费与条件十分优裕的实地调查。根据台湾解密的档案，1943年11月17日，吴文藻、罗家伦与青海省主席马步芳密谈，主题是关于西藏问题及青海开垦与驻户。11月26日，“吴文藻呈军事委员会委员长蒋中正为报告考察青海情形”，从兰州以密件发回重庆，并有团长罗家伦的报告。陈布雷摘要之后，同时呈蒋委员长。蒋阅后以红蓝划线标志。（国民政府，藏政建议一，台湾总统府解密档案）

　　在重庆，吴文藻虽然从政，却对官场文化不甚感兴趣，对为官之道也不甚了了，仍心系教育，甚至还在怀念着当老师的生活。而作为学校，则想利用吴文藻的关系，与政界、尤其是教育机构产生联系。所以，当了参事的吴文藻，同时接受了燕京大学与云南大学驻渝代表的委托，帮助这两个学校办一些事情。两个学校的驻渝代表，虽然都是义务的、不取任何报酬，但由于燕大与云大都是吴文藻为之付出过感情的学校，加上职位上的事情并不多，两校若需要，他仍会竭尽全力。在他看来，这不仅是为学校办事，也是保持了自己与学界的联系，仍然可以从事社会学中国化的追求。颠簸于嘉庐与潜庐之间（吴文藻上班的日子住在重庆城里的嘉庐，周末回冰心和孩子们日常居住的歌乐山潜庐），为着燕大也为着云大而忙的吴文藻，同时以著文来证实自己的学术追求。1941年底，吴文藻在《三民主义周刊》上连续发表两篇文章，论述中国社会科学的基础，一篇为《何以要建立中国社会科学的基础》，另一篇为《如何建立中国社会科学的基础》，是一个问题的上下篇。

1939年，吴文藻、冰心一家在云南昆明郊外呈贡的“华氏墓庐”（冰心称为“默庐”）临时住所。

　　1942年10月，燕京大学在成都复校，吴文藻冰心应邀前往成都燕大参观访问，并做了题为《建立中国社会学的意义》的演讲。成都复校的燕大社会学系代主任林耀华，也是吴文藻推荐的。此时，吴文藻的另一篇重要论文《边政学发凡》已经发表，师生二人曾经为此作过一次彻夜长谈（吴文藻是林耀华在燕京大学读书时的老师）。吴文藻告诉林耀华昆明的有关情况，顾颉刚的《中华民族是一个》的发表与傅斯年取缔“人类学讲座”的批评与责难，当时因为忙于搬家，对傅斯年的发难没有进行反击，同时因为“中华民族是一个”的观点在国民政府及学界占据主导地位，正面进行批评或者展开争论，尚不是时候。但是，据他所接触的实际与费孝通等一批同学的田野调查，中国存在不同民族是客观的、也是不可绕开的，不正视这个现实，就不能造就中华民族的安定与繁荣。现在因为是战时，主要面对抗击日本侵略者，但这只是暂时的，常态的中华民族如果处理不好各民族的关系，也会造成国内局势的非常态。林耀华认真拜读过老师的文章，认为《边政学发凡》跳过了不同民族的存在与否的争论，直接进入对边疆民族的治理，这是一个于理论很无奈，但对国家、民族有着重要实际意义的做法。

　　太平洋战争之后，日本侵略的战线越拉越长，并与德、意结成同盟，意欲瓜分世界，同时，世界反法西斯的力量也日益壮大，以中、英、美为中心的“反法西斯联盟”的形成，催生了胜利的曙光。重庆国民政府逐渐有可能腾出一些时间与精力，考虑战后的教育等问题。1943年２月，以教育部政务次长顾毓琇为团长的中国教育代表团访问印度，进行为期两个月余的考察与访问，团员有吴俊升、沈宗濂、吴文藻，秘书由顾毓琇的五弟顾毓瑞担任。在这次考察、访问中，吴文藻广泛地接触了印度的上层及社会各界，就印度社会的结构、组织，基层的城镇与村落，作了详细的了解；针对印度以宗教为基本的社会形态，不仅收集了官方的统计、宗教社团提供的资料，而且进行了具体个案的考察。

　　吴文藻的另一次出访，是到美国出席太平洋学会第九次年会。这次会议的主题脱离了他的专业，不是教育、不是民族与社会学，而是外交会议，也正是这一次的会议，对他战后的人生选择产生了直接影响。1944年底至1945年初，太平洋学会第九次年会在美国弗吉尼亚州温泉小镇（Warm Springs,Virginia）召开，参会的中国代表团团长是西南联大校长蒋梦麟先生，团员与职员计有三十人，大多是在美国或国外的学者，从重庆专程飞来的有张君劢、钱端升、杨云竹、邵毓麟等人，吴文藻兼任秘书。这次会议的主题是“太平洋的和平与安全问题”，特别着重“战后盟国对日管制问题”。行前，中央宣传部部长王世杰曾有指示，以进步人士姿态出席会议，替国民政府争取权利。

　　1945年5月6日，吴文藻回到重庆。此时，中华民国政府派出了以宋子文为团长的代表团，前往旧金山签订《联合国宪章》，之后中、英、美首脑签订了《波茨坦公告》，敦促日本无条件投降。此时的中华民国因反法西斯战争取得的胜利在国际上扬眉吐气。吴文藻回来后，国防最高委员会参事室的工作极多极忙，王宠惠任秘书长，政府的外交事务，多由这里提出与处理。战事接近尾声，外交显得更加活跃，而浦薛凤陪同王宠惠基本都在美国，参事室的事情自然就落到了吴文藻的肩上。对此，吴文藻有这样的回忆，“45年五月一日返抵重庆。适值浦薛凤随王宠惠去美赴旧金山会议，返后，参事室工作，即由我主要负责，直至46年五月一日返还南京为止。总计在职约五年半中，实际着力工作，只有两年多，而首要负责，只有一年光景。”在这期间，吴文藻接触了一些重要的外交方面的事务。1945年这一年多的负责工作，吴文藻干得相当出色，不仅受到政府的嘉奖，还受到蒋介石的集体接见。