1915年，马叙伦任教于北京大学和北京医学专门学校。12月，袁世凯称帝。马叙伦非常愤怒，他先是在报纸上发表讨袁檄文，继而宣布辞去两个学校的教职，以示抗议。此举一时轰动京沪，马叙伦也被誉为“挂冠教授”。

　　1929年，马叙伦辞去民国政府教育次长职务。此前，他三次出任教育次长，试图改善和促进教育事业，但军阀政府没有振兴教育的诚意。马叙伦愤然写下《述怀》一诗：“袍笏登场又一回，未酬素志鬓丝衰。身无媚骨难谐俗，从此柴门不再开。”

　　1931年，日军发动九一八事变，马叙伦念及国运，忧心如焚。之后，每逢此日，他总要赋诗言志，提醒自己国耻未雪。在《九月十八日》一诗中，他表达了对已沦陷国土的思念和对收复失地的期盼：“白草黄榆又一秋，斜阳初月倚危楼。归信不随南雁至，梦魂夜夜到幽州。”

　　上海被日军侵占后，马叙伦贫病交加。但他宁可挨饿受冻，也决不与日伪汉奸同流合污。日伪教育总长汤尔和请马叙伦担任北大校长，马叙伦严词拒绝。他在北大教过的学生陈公博派人送来大米和钱，想请老师“出山”。马叙伦马上出门怒斥，制止卸车，将大米和钱如数退回。几天后，马叙伦写诗给陈公博：“我爱当年陈白沙，静中修养茁萌芽。已成挑李垂行畔，更作瑚琏蔚国华。一时官柳摇金佩，三载鸟衣驻玉车。卓荦声名吾党健，还须珍重向天涯。”诗中以名节譬喻，希望陈公博幡然悔悟，痛改前非，怎奈他执迷不悟，最终成为国家和民族的罪人。

　　1946年6月，马叙伦率团赴南京请愿，呼吁和平、反对内战。不料在下关车站遭到国民党特务的殴打。马叙伦写下诗句：“岂有刑天志，能无百姓情。独夫犹肆虐，举国欲同盟。血浪将漂杵，哀声是胜兵。吾侪须努力，前路日光明”，表明不为威武所屈，直言蒋介石必将在国人的反对中失败，前路必将一片光明。