辛亥革命推翻了清王朝，成立了中华民国。但是，民国成立后，由于军阀割据，连年打仗，北京政府的财政支绌，以致常常积欠教育经费。1921年春，政府积欠的教育经费竟达七八十万元之多，导致大中小学的教职员经常发起索薪运动。

　　领导索薪

　　1921年，马叙伦正在北京大学任教。当时，他还是北京小学以上各校教职员联合会的主席，又是国立八校（北京大学、高等师范学校、女子高等师范学校、工业专门学校、农业专门学校、美术专门学校、法政专门学校、医学专门学校）教职员联合会的主席和索薪代表。是年，各校教职员工已有两个月领不到工资了，大家连粗茶淡饭都难以维持，有些人家只好把心爱的古玩、字画送进当铺，有些人家则东借西借来维持生计。大学教师的生活尚且如此，一般中小学教师的生活更可想而知了。有的小学教员为生计所迫改营他业，有的甚至在夜间拉人力车谋生。

　　终于，教师们开始向总统府和国务院请愿。一次、两次……换来的却是当局的敷衍搪塞。到了3月间，各校教职员生活实在无法维持，只好联合罢教，以马叙伦为首的五十几位索薪代表拟定发表了宣言：“……政府平日所说筹集的教育基金在哪里？全不过是一套骗人的空话……学生终日惶惶，觉得学校停闭就在旦夕，不能安心求学。教职员终日惶惶，无法维持生计，亦不能安心授课。我们再不能忍了！所以我们只好宣告停止职务，与政府作最后谈判。我们所痛心的，是耽误了青年学生最宝贵的光阴。但这个责任，应该由政府去负。”（1921.3.27《晨报》）

　　然而，对于这一宣言，北洋政府依然视若无睹。就这样，双方相持到4月上旬。最后，八校学生在4月12日举行了大规模的游行请愿，要求政府迅速发清欠薪，使学生恢复上课。这天，游行队伍由女师和医专为前导，并发表了演说，揭露当局蔑视教育事业，拖欠教育经费的罪行，提出“无教育即无国家”“停办学校好比禽兽”等口号。当学生们游行到新华门前时，总统府周围已是军警密布，如临大敌。大总统徐世昌推说有事避而不见。学生们则席地而坐，坚决不走。直到下午六点，政府秘书许家翰才慢腾腾地走了出来，他含糊其辞地说：“总统对此事是极为关怀的，已商妥由财政总长、交通总长向国内银行团借款，已有端倪。”

　　5月1日，政府当局拨发了4月份的薪水，但对积欠的薪水仍采取拖延的态度。当局这种狡猾手段，激起了广大教职员的极大愤怒，身为八校教职员联合会主席及索薪代表负责人的马叙伦，与代表们议定，5月23日再次宣告停课。然而，到了5月底，当局仍然没有解决拖欠经费问题，于是，在以马叙伦为首的五十余位索薪代表带动下，大家再次到教育部索薪，李大钊也是索薪代表。当时，北京政府教育部已没人敢当部长了。次长马邻翼避而不见，只派了两位司长接见了代表。代表们对两位司长诉说了各校教职工的生活艰难状况，慷慨陈词，声泪俱下。但两位司长却东拉西扯，始终不予答复。代表们回来后举行了会议，决定6月3日掀起一场更大规模的索薪运动，并通电全国，发表《敬告国人书》。

　　当局大打出手

　　6月3日这天，除了国立八校教职员和校长全部出动游行外，还有北京各中小学教职员和八校的学生参加，总人数五千余人，游行队伍先到教育部，把代理部长马邻翼“请”了出来，并迫他“率领”游行队伍去总统府与总统徐世昌论理，此时徐世昌早已得到消息，则在新华门布置了大批军警打手，以武力来“接待”手无寸铁的游行队伍。当游行队伍到达新华门时，早已准备好的大批军警打手冲进了游行队伍，见人就打，马叙伦是领队人，身处队伍前头，顿时被打得鼻青脸肿，满身是血，特别是左脑和腰部受伤很重。军警不知队伍里还有一位教育部部长，因而马邻翼也尝到了枪柄的滋味，急得他大声呼叫：“我是教育部长！”军警闻声，这才赶紧把他拉入他们的行列。遭到军警毒打的还有医专校长张焕之、法专校长王家驹、北大教授沈士远、高师马裕藻及许多学生。那天大雨倾盆，马路上血水交融，惨不忍睹。行人和医专学生将受伤的师生送进了宣武门大街的首善医院进行抢救。

　　这次惨案发生后，总统徐世昌反而颠倒黑白，歪曲事实，以马叙伦等“妨害公安，诋毁总统、打伤教育部代部长及总统卫兵”为由，向法院提出公诉。并且还虚构情节，通电各省制造舆论；同时又派出警察、密探，看守着医院。凡有人要探视受伤者，须经警察审查后方可进入医院。但对马叙伦则不同：绝对不允许亲友或记者与他接触，即使马叙伦母亲、妻儿也不例外。徐世昌这种做法是恶人先告状，看起来气势汹汹，实际上是色厉内荏。

　　绝食斗争

　　不久，当局派了一名警官来到医院宣布：负伤者除马叙伦外，其余的人即可出院。但立刻遭到全体受伤者的坚决反对，大家表示，同是为请愿而受伤，理宜同去同留，决不单留马叙伦一人在医院受虐待。由于受到军警的严密监视，行动失去自由，马叙伦义愤填膺，开始绝食，以示对当局的抗议。六月十三日，《晨报》刊出李大钊在北大《半月刊》发表的一篇文章，题为《最悲痛最要紧的一件事》，其内容：“本会议马叙伦自受伤后，愤政府之摧残教育，刀刺枪打之不足，复以医院为囹圄，待受伤代表俨同已决之死囚，马君已于前日起断绝饮食，决心自杀，现已陷入危急之境，不知同人有何善法以劝慰马君。临书悲愤，用告同人”（1921.6.13《晨报》）。此文发表后，在社会上引起很大反响。当时正在广州的孙中山先生对北京政府“六三”暴行发出愤怒的声讨。全国各界也纷纷电斥“六三”暴行，眼看即将引发罢工罢课的新高潮。当局生怕事态扩大，开始撤退警探。马叙伦母亲得知，即带着孙儿去医院探望儿子。老人见儿子面容灰暗，双目紧闭，禁不住哭出声来。她劝道：“政府对你们不讲理，你何苦绝食自苦，如有个三长两短，家里人将何以度日！”当时八校学生会代表何玉书也在一旁劝慰，言词非常恳切。马叙伦既感学生的关怀之心，又不忍拂慈母之意，终于答应进食。

　　在全国各界舆论的谴责下，北京政府派出汪大燮、孙家琦、王芝祥等人出面调停，他们到医院对马叙伦进行了慰问，同时当局也发放了部分欠薪，这次索薪风潮才算暂时了结。