贯彻“长期共存、互相监督”方针，要求民主党派担负起更广泛地团结广大非党知识分子的责任。早在1956年，民进二大就把积极发展组织，做好基层工作作为全会的主要工作之一。大会指出发展组织是为了适应形势，为了团结更多的知识分子。大会确定，民进的发展对象还是按重点分工原则，以从事文化教育工作的知识分子尤其以高等师范院校、中小学教育工作者以及文化出版工作者为主；可以在大中城市筹建组织。大会之后，各级组织根据会中央提出的原则和要求，认真做好组织发展工作。到1957年6月，会员人数就增长了2倍多，达到8400余人；地方组织由11个增加到40个。

　　在扩大化的反右斗争中，民主党派根据形势需要而发展组织也成了一条罪状，受到严厉批判。1957年6月23日，民进中常会在《关于在会内进行整风的决议》中作出规定：“在会内整风期间，各级组织应当暂停吸收会员，发展组织。”这就在实际上关上了发展组织的大门。随着运动的不断强化，一大批成员被错戴上“右派”帽子，为“纯洁”组织，有800余人被开除出会。再加上自然减员，到1958年11月召开民进三大时，会员总数减至7400余人，地方组织则徘徊在原来水平上。

　　民进三大制定了《中国民主促进会组织改造规划》，强调在今后一个时期内，全会要着重整顿和巩固组织。在以后的几年中，民进的组织发展工作基本处于停滞状态，而且随着自然减员，会员人数继续下降。

　　1962年周恩来总理宣布为知识分子“脱帽加冕”后，统一战线形势呈现了较为宽松和谐的新气象。4月，民进中常会通过了《关于适当发展组织的几点意见》《关于加强基层组织工作的几点意见》两个文件，指出为了适应新形势的要求，加强民进的工作，有必要贯彻“巩固与发展相结合”的方针，适当发展组织；发展工作既要慎重，又要积极，要在中共党委的领导和帮助下进行。文件下达后，一些条件成熟的地方新建立了地方组织，各地也发展了一些会员。但仅一年后，共产党重又紧绷阶级斗争这根弦，民主党派的组织发展再次陷于停顿。到1966年6月“文革”动乱前夕，民进地方组织由三代大会时的41个增加至46个，会员人数则由7459人减至7245人。

　　从1956年8月民进二大至1966年6月这十年间，民进的组织发展工作呈一驼峰形曲线。这从一个侧面反映了民进在曲折中前进的历史轨迹。

　　鉴于马叙伦主席自1958年后长期病卧在床，1966年7月31日，中央常委会决定由周建人代理民进中央主席职务。